מבדיקת העצמות ניתן להסיק אם היו אלה של אישה או של גבר וכן את הגיל, ואפשר לדעת אם אירעו חבלה או טראומה לעצם, ואם הן התרחשו טרם המוות, סמוך לו או לאחריו. זאת ועוד, אפשר ללמוד על מחלות שנבעו מתת־תזונה, אם נמשכה מספיק זמן.
בני האדם החלו לעבד את האדמה, לגדל את מזונם ואף לאגור אותו. הם החלו לכלכל את עצמם, באמצעות ביות של בעלי חיים וצמחים, ולא היו תלויים עוד במזל ובמיומנויות ציד. בשלב זה הגידולים החקלאיים של בני האדם היו תלויים באזור הגיאוגרפי ובשטח האדמה שעליו התיישבו.
מחקר ישראלי שנערך באוניברסיטת תל אביב והתפרסם אשתקד גילה כי מבנה לסת האדם השתנה לאורך ההיסטוריה. כאשר בוחנים את השינויים במבנה הלסת של האדם מהתקופה שקדמה למהפכה החקלאית לתקופה המודרנית, ניתן לראות כי מספר השיניים נשאר זהה, אך צורת הלסת השתנתה לאורך השנים וגודלה הצטמצם. צוות החוקרים, בהובלת ד"ר רחל שריג וד"ר הילה מאי, סיפק לכך הסבר. עם המהפכה החקלאית נעשה שימוש רב יותר בבישול וחלה עלייה בצריכת מזונות במרקמים רכים או דייסתיים. כתוצאה מכך, נדרש פחות כוח ללעיסה, והשרירים הקשורים ללעיסה נחלשו.
אחד הסימנים המעידים על תת־תזונה בילדות הוא היווצרות פסים על אמייל השן. פגם זה נוצר כתוצאה מהיווצרות מטריצת אמייל לקויה בשן. כל חסר תזונתי שיוביל לפגיעה בגדילה אצל ילדים עלול להשאיר ביטוי של פסים על האמייל, מאחר שגם היווצרותו נפגעת. כשבודקים את שיניהם של אנשים מהתקופה שקדמה למהפכה החקלאית לעומת שיניהם של מי שחיו לאחריה, ניתן לראות כי השכיחות של הפגיעה באמייל עלתה. זאת כנראה בגלל העלייה בשכיחות של תת־תזונה.עדות נוספת למחלות תת־תזונה, ששכיחותן עלתה לאחר המהפכה החקלאית, ניתן למצוא כאשר בוחנים את גג ארובות העין. כשמשווים גולגולות מהתקופה המוקדמת לגולגולות מהתקופה שלאחר המהפכה החקלאית, ניתן להבחין בעלייה בשכיחות של נקבוביות בארובת העין.
חוקרים משערים כי אלה יכולות להיות בגלל מספר סיבות, שהעיקרית בהן היא אנמיה, הנגרמת בעיקר מתת־תזונה - מחסור בברזל, בוויטמין B12 או בחומצה פולית (לעתים ממחסור של כולם גם יחד). דוגמה נוספת היא מחלת הצפדינה. הגורם למחלה הוא מחסור חמור בוויטמין C, שהביא סבל אנושי גדול לאורך ההיסטוריה. המחלה תוארה לראשונה על ידי המצרים הקדמונים, ולאחר מכן גם על ידי היוונים והרומאים. במשך מאות שנים צפדינה הייתה מחלה של מלחים השוהים בלב ים תקופות ארוכות, חיילים ואוכלוסייה ענייה באזורים שבהם לא צרכו פירות וירקות טריים כחלק מהתפריט. החולים בה סבלו מדימומים (בעיקר בחניכיים), איבוד משקל, כאבי פרקים ובעיות בקרישת דם. ללא טיפול גרמה המחלה למוות.
כאשר אנשים חיים עם מחלת צפדינה לאורך זמן, ביטוי המחלה מופיע גם בעצמות ומשאיר סימנים אופייניים למחלה. ואכן, מבדיקת עצמות של שלדים פרה־היסטוריים ניתן לראות את העלייה בשכיחות מחלת הצפדינה, כתוצאה ממחסור תזונתי לאחר המהפכה החקלאית.