הסיבה לתקלה היא חברת "נובולוג", המפיצה הבלעדית של כל סוגי התרופות של חברות הפארמה הרב לאומיות, שהודיעה על מעבר לתוכנת ניהול חדשה ועל עצירת כלל ההזמנות למשך 12 יום. הבעיה היא שגם כעת, לאחר שלכאורה האספקה אמורה הייתה להתחדש, בחברה לא סיפקו את ההזמנות שהיו אמורים לספק, ובעלי בתי המרקחת חוששים שגם ביום ראשון לא תחודש האספקה כנדרש בשל תקלות בתוכנה.
בדיון דווח עוד כי בבתי מרקחת פרטיים רבים נותרו חפיסות בודדות של תרופות ואף חוסר נקודתי במלאים של תרופות. מאינסולין ותרופות להפרעת קשב וריכוז ועד לחיסונים, תרופות למלריה, כימותרפיה, תרופות להורדת כולסטרול או ליתר לחץ דם.
ארגון הרוקחות בישראל מסר בתגובה כי "לצערנו, הדיווחים שנשמעו בוועדת הבריאות של הכנסת על אודות שיפור בקשיים באספקה סדירה של תרופות נוכח התקלה שקרתה בחברת 'נובולוג' אינם עולים בקנה אחד עם הדיווחים המתקבלים מהשטח. בשטח אנו רואים מחסור בתרופות, בהן מצילות חיים. יש לטפל בדרוש תיקון באופן מידי ולהתכונן כבר כעת לעתיד לבוא. צעד ראשון בניסיון למנוע אירועים עתידיים הוא מתן הוראה דחופה מאת משרד הבריאות על פי תקנות הרוקחים שתחייב את בעלי הרישום, יבואני התרופות, לשווק אותן באמצעות שני מפיצים לפחות לכל תרופה, וזאת על מנת שלא נמצא עצמנו בשידור חוזר של האירוע שאנו חווים בימים האחרונים. מהלכים כגון אלה נעשו בעבר, הן בעת חירום והן בשגרה, ואין סיבה שלא לבצעם שוב כעת". בארגון הרוקחות בישראל דחו את הטענות שנשמעו בוועדת הבריאות של הכנסת על השפעה שתיווצר נוכח פתיחת שוק הפצת התרופות לתחרות על מחירי התרופות. "אנו סבורים כי לא צפויה להיות השפעה על מחירי התרופות לא רק בשל פתיחת השוק לתחרות נוספת, אלא גם משום שמחירי ההפצה בשקלול הכולל של עלות התרופות הם שוליים".