כאמור צרקוב הובאה אמש באמבולנס צבאי לבניין בית החולים לילדים שבתל השומר, שם היא מאושפזת במתחם שהוכן לחטופים. על פי הפרוטוקול, הטיפול מתחיל בבדיקות כלליות, בדיקות דם, צילומי רנטגן ולעיתים גם CT או MRI. בתוך כך, מתבצעת לרוב בדיקת קרישה לאיתור קרישי דם שנגרמים משהייה ממושכת ללא תנועה, לצד פאנל לזיהוי מחלות זיהומיות ובדיקות שתן לאיתור חומרים רעילים.
הטיפול בחטופים השבים מתבצע בחדר נפרד לשב או לשבה, כשלצידה ישנו אזור לינה גם לבני המשפחה. משרד הבריאות ממליץ על אשפוז של ארבעה ימים לפחות, כדי לאפשר לחטוף התאוששות מבוקרת והרחקה מההמולה הציבורית.
צוות רב־תחומי גדול מלווה חטופים ששבים והוא כולל רופאים, אחיות קבועות, דיאטניות, פסיכולוגים, פסיכיאטרים ועובדות סוציאליות. הצוות מתכנס לדיונים שוטפים כדי לבנות תוכנית טיפול מותאמת אישית. דגש מיוחד ניתן לתזונה הדרגתית למניעת "תסמונת ההאכלה מחדש", מצב מסכן חיים שעלול להתרחש לאחר רעב ממושך.
הפרוטוקול כולל גם ליווי נפשי קבוע: עובדת סוציאלית מתלווה לכל חטוף כבר מהיום הראשון ותהווה גורם מקשר עם הצוות הרפואי. בהמשך ייקבע גורם קשר אישי מקופת החולים שיוודא רצף טיפולי מלא גם לאחר השחרור מבית החולים.
התרעות פיקוד העורף