החשש מפני "הרס מוחלט" של הערך התזונתי במיקרוגל אינו נתמך בדיווחים רפואיים. להפך, בחלק מהמקרים נמצא כי חימום קצר במיקרוגל שומר על נוגדי חמצון טוב יותר מבישול ממושך על הכיריים. גם הטענה שהמיקרוגל משנה את המבנה המולקולרי של המזון באופן ייחודי אינה מקבלת חיזוק מדעי. כל חימום, בכל שיטה, משנה מבנה במידה מסוימת, אך אין עדות לכך שמיקרוגל עושה זאת באופן מזיק.
גם חלוקת החום אינה תמיד אחידה, ולכן יש להקפיד על ערבוב או המתנה קצרה לאחר החימום, במיוחד במזון לתינוקות. מדובר בהיבט בטיחותי, לא תזונתי, אך הוא חלק מהשימוש הנכון במכשיר.
המסקנה העולה מהדיווחים הרפואיים והתזונתיים חד משמעית. המיקרוגל אינו אויב הבריאות, אלא כלי בישול יעיל שלעיתים אף עדיף על שיטות מסורתיות בכל הנוגע לשימור ערכים תזונתיים. החשש מפניו מבוסס יותר על מיתוסים ופחדים מאשר על נתונים.
בשורה התחתונה, חימום במיקרוגל אינו "הורג" את הוויטמינים, ולעיתים אף שומר עליהם טוב יותר. כל עוד משתמשים בכלים מתאימים ומקפידים על חימום נכון, מדובר באחת הדרכים הנוחות והבריאות להכנת מזון במטבח המודרני.