הגוף הוא לא מאחסן חלבון עודף כ"חומר גלם לשריר" לשעת הצורך. חומצות אמינו שאינן נדרשות לבנייה או לתהליכים מטבוליים עוברות פירוק. הכבד מפרק את קבוצות החנקן, והכליות משתתפות בפינוי תוצרי הפירוק דרך השתן. אצל אדם צעיר ובריא, המערכות האלה מסוגלות בדרך כלל להתמודד עם צריכת חלבון גבוהה במידה. לכן לא נכון לטעון שאבקת חלבון פוגעת בכליות אצל כל מי שמשתמש בה. זה ניסוח מבהיל מדי ולא מדויק.
הסיפור משתנה אצל אנשים עם מחלת כליות קיימת, כליה בודדת, סוכרת, יתר לחץ דם, היסטוריה משפחתית של מחלות כליה או ירידה סמויה בתפקוד הכלייתי. אצלם, תפריט עתיר חלבון בלי ייעוץ עלול להעמיס על הכליות. גם מי שסובל מאבני כליה חוזרות, התייבשות כרונית או שימוש בתוספים רבים במקביל צריך להיזהר יותר. הבעיה מתחדדת במיוחד אצל בני נוער שמתחילים להתאמן, קונים אבקות דרך האינטרנט, ואינם יודעים לחשב את סך החלבון שהם מקבלים מהתפריט היומי.
יש גם שאלת איכות. אבקות חלבון אינן תרופות, והפיקוח עליהן שונה. בחלק מהמוצרים בעולם נמצאו בעבר מזהמים, חומרים לא מוצהרים, מתכות כבדות או רכיבים שאינם תואמים את התווית. רוב המוצרים המוכרים אינם בהכרח בעייתיים, אבל צרכנים צריכים לבחור מותגים שעברו בדיקות איכות, להעדיף מקורות אמינים ולא לקנות אבקה זולה ממקור לא ברור.
כדאי לבצע בדיקות תקופתיות אם משתמשים בתוספים באופן קבוע, במיוחד קריאטינין, תפקוד כלייתי, בדיקת שתן ולעיתים גם תפקודי כבד לפי שיקול רפואי. לא מפני שכל שייק מסוכן, אלא מפני שהגוף הוא לא מחסן אינסופי. השריר נבנה באימון, בתזונה ובמנוחה. האבקה יכולה לעזור להשלים חסר, אבל היא לא מתקנת אימון לא נכון, שינה קצרה או תפריט מבולגן.