אבל הציבור הרחב הוא לא תמיד מבחין בין תרופה במרשם לבין תוסף מדף. קפסולות אומגה 3 שונות מאוד זו מזו בריכוז EPA ו-DHA, באיכות השמן, בצורתו הכימית, בתנאי האחסון וברמת הבדיקה נגד מזהמים וחמצון. שתי קפסולות של חברות שונות יכולות להכיל כמויות שונות לגמרי של חומר פעיל. צרכן שקורא "1000 מ"ג שמן דגים" על האריזה לא תמיד מבין שמתוך זה ייתכן שרק חלק קטן הוא EPA ו-DHA.
בשנים האחרונות התחדדה גם סוגיית פרפור הפרוזדורים. בכמה מחקרים ומטה-אנליזות, בעיקר כאלה שבדקו מינונים גבוהים יותר של אומגה 3 ובאוכלוסיות עם סיכון לבבי, נמצאה עלייה מסוימת בסיכון לפרפור פרוזדורים. מנגד, לא כל המחקרים מצאו קשר כזה, ובמינונים תזונתיים רגילים התמונה מורכבת יותר. לכן אין מקום לומר שכל קפסולת אומגה 3 גורמת להפרעת קצב, אבל כן חשוב שמטופלים עם היסטוריה של פרפור פרוזדורים, הפרעות קצב או מחלת לב יתייעצו לפני שימוש קבוע, בעיקר במינונים גבוהים.
יש גם שאלת חמצון השמן. חומצות שומן רב בלתי רוויות רגישות לאור, חום וחמצן. שמן מחומצן עלול לקבל ריח וטעם לוואי, ולשקף איכות ירודה. המשמעות הקלינית של חמצון בקפסולות עדיין נידונה, אבל ברור שעדיף לבחור מוצרים שנבדקו, נשמרו כראוי ולא עברו תאריך תפוגה. קפסולה עם ריח דגים חריף במיוחד או טעם מעופש אינה סימן לאיכות.
תופעות לוואי שכיחות כוללות גרעפסים בטעם דג, בחילה, צרבת, כאבי בטן ושלשול. אנשים עם אלרגיה לדגים או פירות ים צריכים לבדוק היטב את מקור המוצר. נשים בהיריון, ילדים, מטופלים במדללי דם, חולי כבד ואנשים עם הפרעות קצב צריכים להתייעץ.
עבור רוב הציבור, הדרך העדיפה לקבל אומגה 3 היא תזונה: דגים שמנים כמו סלמון, סרדינים, מקרל או הרינג, בהתאם להמלצות תזונתיות ולזהירות מזיהום כספית בדגים מסוימים. לצמחונים וטבעונים קיימים מקורות כמו זרעי פשתן, צ'יה ואגוזי מלך שמכילים ALA, אך ההמרה ל-DHA ו-EPA מוגבלת. במקרים מסוימים ניתן לשקול תוסף מאצות.
אומגה 3 היא לא באמת תרמית, אבל גם לא ביטוח בריאות אוניברסלי. מי שיש לו טריגליצרידים גבוהים או צורך רפואי מוגדר צריך לקבל הנחיה. מי שלוקח קפסולות "ליתר ביטחון" צריך לשאול אם הוא באמת מרוויח מהן יותר ממה שהיה מרוויח מצלחת דגים טובה, תזונה מאוזנת והפסקת עישון.
התרעות פיקוד העורף