בין הנושאים שעלו בבדיקה נכללו בעיות בתהליכי החיטוי, העיקור והאספקה של מכשור וכלים רפואיים סטריליים המיועדים לניתוחים. האספקה הסטרילית המרכזית אחראית על קבלת הכלים לאחר השימוש, ניקוים, חיטוים, אריזתם ועיקורם, לפני שהם מוחזרים לחדרי הניתוח. כל תקלה בשרשרת הזאת עלולה לפגוע ברמת הסטריליות הנדרשת ולהגדיל את הסיכון לזיהומים לאחר ניתוח.
הביקורת העלתה גם מחסור משמעותי באנשי צוות. בחדרי ניתוח נדרשת נוכחות של צוותים רפואיים וסיעודיים בעלי הכשרה מתאימה, לצד עובדים האחראים על תהליכי הסטריליזציה, התפעול והבקרה. מחסור בכוח אדם עלול ליצור עומס, להקשות על ההקפדה על הנהלים ולהוביל לעיכובים או לטעויות בתהליכים שבהם נדרשת עבודה מדויקת ורציפה.
בעקבות ממצאי הבקרה הורה משרד הבריאות להפסיק את הפעילות הרפואית בכל חדרי הניתוח. יתר השירותים בבית החולים לא נכללו בצו והמשיכו לפעול, אבל הניתוחים המתוכננים הושבתו עד לקבלת אישור מחודש. המשרד לא פרסם כמה ניתוחים נדחו בתקופת הסגירה או כמה מטופלים נדרשו לקבל מועד חלופי.
במהלך השבועיים שחלפו מאז הוצאת הצו נדרשה הנהלת בית החולים לבצע את התיקונים, להסדיר את תהליכי העבודה ולהציג למשרד הבריאות את הפעולות שננקטו. לאחר בחינת הצעדים והממצאים המעודכנים, קבע המשרד שהתנאים הנדרשים להפעלה חלקית של חדרי הניתוח הושלמו.
בהתאם להחלטה החדשה נפתחו חדרי הניתוח אתמול. בשלב זה מתבצעת פעילות בארבעה חדרים שאושרו לניתוחים גדולים בלבד. משמעות ההחלטה היא שלא מדובר בביטול מלא של צו הסגירה או בחזרה מיידית לשגרת הפעילות שהתקיימה לפני הביקורת, אלא בחידוש מדורג ומפוקח, בהתאם להגבלות שקבע משרד הבריאות.
ההחלטה התקבלה לאחר שדירקטוריון החברה והנהלת בית החולים הצהירו שהליקויים תוקנו והתחייבו לעמוד במלוא תנאי הרישוי. הם התחייבו גם להפסיק כל פעילות החורגת מהאישורים שניתנו לבית החולים וליישם את הדרישות המקצועיות שנקבעו בעקבות הביקורת.
תנאי הרישוי של בתי חולים וחדרי ניתוח עוסקים בין השאר במספר אנשי הצוות ובהכשרתם, בתשתיות, בתחזוקת הציוד, בתיעוד הפעילות, במניעת זיהומים ובתהליכי העיקור והחיטוי. בתי החולים נדרשים לפעול רק בתחומים ובהיקפים שאושרו להם, וכל שינוי בפעילות מחייב עמידה בתנאים שקובע משרד הבריאות.
משרד הבריאות הודיע שימשיך לבצע בקרות שוטפות בבית החולים מדיקה רפאל, כדי לוודא שהנהלתו עומדת בהתחייבויות ובתנאים שנקבעו לחידוש הפעילות. המשרד ציין שהבקרות יימשכו גם בבתי חולים אחרים, כחלק מהפיקוח על תנאי הרישוי ועל בטיחות הטיפול.