במקביל, המשרד העביר לבתי החולים ולקופות החולים חוזר היערכות לחורף, שנשלח להערות הציבור עד לשבוע הבא. ההנחיות מתמקדות בהיערכות לעלייה הצפויה בתחלואה הנשימתית, בדגש על שפעת, קורונה ו-RSV.
בתי החולים נדרשים להיערך לעומסים באמצעות תגבור כוח האדם המקצועי, הפרדת מטופלים הסובלים מתסמינים נשימתיים ושימוש באמצעי מיגון בהתאם לצורך.
קופות החולים הונחו להרחיב את פריסת אתרי החיסון, לקדם הסברה בקרב המבוטחים ולהיערך, בהתאם לצורך, להרחבת שעות הפעילות ולהגדלת השימוש בשירותי רפואה מרחוק, במטרה לחזק את המענה בקהילה.
ההנחיות מתייחסות גם לחיסונים נגד קורונה ופנאומוקוק בהתאם להתוויות הרפואיות, להשלמת חיסוני השגרה לילדים ולהתחסנות עובדי מערכת הבריאות נגד שפעת.