במהלך המצעד נעצרו 18 חשודים בחשד לעבירות אלימות, תקיפה ואיומים והפרת הסדר, ובאזור שער שכם השליכו חפצים לעבר עיתונאים שעמדו בסמוך למקום במתחם העיתונאים. החשודים נלקחים בשעה זו לחקירה במרחב קדם של מחוז ירושלים.
בן גביר נאם בצעדה ואמר: "עם ישראל חי. ביום השמח הזה ומצד שני המורכב הזה. אנחנו מעבירים מכאן מסר לחמאס. ירושלים שלנו. שער שכם שלנו. הר הבית שלנו. ובעזרת השם הניצחון המלא שלנו. אנחנו קוראים לראש הממשלה תהיה חזק. אנחנו לא נכנעים. אנחנו לא מוותרים. אנחנו לא עוצרים. אנחנו מנצחים! יום ירושלים שמח. עם ישראל חי".
במקרים נקודתיים בהם נדרשו שוטרים ולוחמי מג״ב לפעול למניעת אירועי חיכוך ואלימות, התנהלות פסולה או פרובוקציות מכל סוג שהם, בעיקר באזור העיר העתיקה וסביבתה - בוצעה הפעילות בהתאם.
בעקבות קטטה אלימה שהתפתחה בשעות הצהריים בעיר העתיקה וכללה על פי החשד כלי תקיפה, עצרו השוטרים לחקירה שלושה חשודים ועיכבו מספר מעורבים נוספים. השוטרים שהגיעו במהירות למקום חצצו בין הצדדים, מנעו את המשך האלימות במקום, ועד כה המעורבים לא נזקקו לפינוי לטיפול רפואי.
מפכ״ל המשטרה, רנ״צ יעקב שבתאי: ״במיוחד בשנה זו ובצל הלחימה ישנה משמעות יתרה לקיום אירועי יום ירושלים כסדרם בבירת מדינתנו, בזהה לכל שנה. בהתאם להערכות המצב משטרת ישראל על בסיס אלפי שוטרים, יחידות משמר הגבול וכוחות מיוחדים פועלת לשמירה על ביטחון הציבור. על סמליו של יום חג זה ומתוך המקומות הקדושים בעיר הבירה נישא תפילה לחזרתם של כלל החטופים,החלמתם השלמה של פצועינו והצלחת כוחותינו הפועלים בחזית".
כמו כן, בדומה לעבר אולם בעצימות נמוכה יותר, החל מאמש נוטרו ברשתות החברתיות בערבית מספר פרסומי הסתה לטרור ופרסומים כוזבים שונים ביחס לאירועי יום ירושלים. חמ״ל התודעה, הפועל במחוז ירושלים, ממשיך לפעול במתכונת מוגברת לניטור, מעקב וטיפול בפרסומים אלו ככל שניתן, שעיקרם נכון לעכשיו מופצים מיו״ש או מחוץ לגבולות מדינת ישראל.
בתגובה לאלימות בשער שכם, אומר אייל גור, ממובילי "שומרות ושומרים על הבית המשותף": "אנו מביעים דאגה עמוקה לגבי ההשתלטות האלימה של קיצונים על מצעד 'ריקוד הדגלים' בירושלים. השתלטות זו סותרת את ערכי הריבונות האמיתית, הדמוקרטיה והשוויון שאנו כה נאבקים לשמור עליהם. המצעד תחת הנהגתם של סמוטריץ' ובן גביר פוגע ברקמת החיים העדינה בכל רובעי העיר העתיקה, מאיים על שלומם של תושבים וכופה על סגירת עסקים מקומיים. זו התנהלות המסכנת את חיי היום-יום של ירושלים ושל ישראל כמדינה יהודית ודמוקרטית."
בג'יהאד האיסלאמי איימו מסרו: "התקפה בוטה על הקיבלה והאתרים הקדושים הראשונים של המוסלמים. אנו קוראים לכל עמנו להתעמת עם בהגנה על כבוד האומה הערבית והאסלאמית".
התרעות פיקוד העורף