בעקבתו לכתו הערב (שבת) של איש המודיעין והשר לשעבר רפי איתן, אנשי ציבור ופוליטיקאים רבים ספדו לו, ביניהם גם יצאה הודעה רשמית מיו"ר המוסד למודיעין ותפקידים מיוחדים, יוסי כהן, שמסר: "המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים וכלל המשרתים והמשרתות בארגון, מביעים צער עמוק על פטירתו של רפי איתן ז"ל. רפי איתן ז"ל היה מעמודי התווך של קהיליית המודיעין, והמוסד בפרט. לעד נוקיר את תרומתו לביטחונה של מדינת ישראל, עוד מהיותו לוחם צעיר בפלמ"ח. עשייתו ופעילותו תרשמנה באותיות זהב בהיסטוריה של המדינה". 

עוד נמסר בהודעה הרשמית כי: "רפי היה לוחם ומפקד מהמעלה הראשונה, מקורי ואמיץ, שהוביל אינספור מבצעים נועזים ופעילויות מורכבות של המוסד, בהן המבצע ללכידתו של הפושע הנאצי אדולף אייכמן. את רובם המכריע של המבצעים אי אפשר לפרסם, אך הם תרמו תרומה משמעותית לביצור ביטחונה של מדינת ישראל. היסודות שרפי הניח בשנות המדינה הראשונות הן נדבך משמעותי בפעילות המוסד גם היום, ועם ישראל חב לו רבות על עשייתו ופועלו. יהי זכרו ברוך". 

ראש הממשלה בנימין נתניהו מסר: "רעייתי שרה ואני אבלים יחד עם עם ישראל כולו על פטירתו של יקיר האומה רפי איתן ז"ל. רפי היה מגיבורי שירותי הביון של מדינת ישראל באינספור פעולות למען ביטחון ישראל. הוא נטל חלק בלכידתו של הצורר הנאצי אדולף אייכמן והבאתו למשפט צדק בישראל בירושלים". 

עוד אמר נתניהו כי: "במהלך השנים נטל חלק בחיים הציבוריים, היה שר בממשלת ישראל ופעל להחזרת הרכוש היהודי שנלקח בשואה. הוא היה ידיד אישי קרוב של משפחתנו. לא היה שני לו בחוכמה, בשנינות ובמחויבות אין קץ לעם ישראל ולמדינתנו. אנו מבכים את לכתו".

גם יו"ר הכנסת יולי (יואל) אדלשטיין ספד לאיתן: "‫בשם כנסת ישראל אני מצר על פטירתו של חבר הכנסת לשעבר, איש המודיעין רפי איתן.‬ ‫מחויבותו ותרומתו לתקומת ישראל, ביטחון המדינה ובפרט למבצע לכידתו של הפושע הנאצי אייכמן יזכרו לנצח בהיסטוריה של עם ישראל. יהי זכרו ברוך".

יו"ר מפלגת "כחול לבן", הרמטכ"ל לשעבר, בני גנץ כתב בחשבון הטוויטר שלו: "רפי איתן היה מגדולי הלוחמים של עם ישראל. לוחם נועז ומתוחכם. אדם שידע לעשות במחשכים מהלכים נועזים שלימדו את אויבינו אודות הנחישות, היצירתיות והאומץ הישראליים. עם ישראל חב לו תודה עצומה על לכידת הצורר אייכמן, ואת שירותו רב השנים למען המדינה".

גם מספר 2 במפגלת "כחול לבן", חבר הכנסת יאיר לפיד כתב: "רפי איתן. האיש שתרם כל כך הרבה לבטחון המדינה, האיש שהיה ממקימי קהילת המודיעין, האיש שהביא לארץ את הפושע הנאצי אייכמן למשפט צדק. תודה על תרומתך האדירה לתקומתה של מדינת ישראל. נוח על משכבך בשלום".

שרת התרבות והספורט מירי רגב מסרה אף היא: "הצטערתי לשמוע על פטירתו של השר לשעבר ואיש קהילת המודיעין במשך שנים ארוכות רפי איתן ז"ל. הוא ייצרב בזיכרוננו כאיש שפיקד על המבצע לתפיסתו של צורר היהודים אדולף אייכמן והביא אותו למשפט צדק בישראל. תרומתו הרבה לביטחון מדינת ישראל במבצעים רבים עליהם פיקד ובהם נלחם, לא תסולא בפז. אני שולחת תנחומים כנים לבני משפחתו. שיהיה שבוע טוב ובשורות טובות לכל עם ישראל".

ראש הממשלה לשעבר, אהוד ברק כתב בחשבון הטוויטר שלו: "הלך מאיתנו רפי איתן. ממניחי היסודות לביטחון ישראל ומערך המודיעין שלה. איש חכם, ערמומי וחד, שלא נס ליחו עד יומו האחרון. מראשוני הפלמ"ח, לוחם ב 48 וממקימי השב״כ והמוסד. הוביל את הבאתו של אייכמן לישראל, ואיש שתרומתו להישגינו אין לה שיעור ולעולם לא תיוודע במלואה. רפי - תודה!".

גם מועמד מספר 3 במפלגת "כחול לבן" לכנסת, ושר הביטחון לשעבר משה (בוגי) יעלון כתב: "מרכין ראשי לזכרו של רפי איתן ז״ל, איש המבצעים והסוד, איש הפעולה היצירתית והנועזת. אדם שהקדיש את חייו וסיכן את חייו שנים ארוכות למען ביצור ביטחון ישראל. יהי זכרו ברוך!".