דבריו של פרץ עוררו סערה בציבור, במערכת הפוליטית ובקהילה הגאה, ופוליטיקאים רבים הגיבו לדברים בביקורת חריפה. פרץ עצמו כאמור פרסם בחשבון הטוויטר שלו הבהרה לדבריו, וכתב כי "לא טענתי שצריך לשלוח ילד או ילדה לטיפולי המרה. במהלך שנותיי כמחנך נפגשתי עם תלמידים שחשו מצוקה נוראית עם נטייתם המינית, ובחרו להיעזר באנשי מקצוע כדי לשנות את נטייתם. מה שאמרתי בראיון נאמר מתוך הכרות אישית שלי עם מקרים דומים. מערכת החינוך בישראל בראשותי תמשיך לקבל את כל ילדות וילדי ישראל באשר הם, ללא שום הבדלי של נטייה מינית. ככה גם הבהרתי בראיון".
לאחר הסערה פרץ מבהיר: "לא טענתי שצריך לשלוח ילדים לטיפולי המרה"
שר החינוך החדש ביקש להבהיר את דבריו בראיון לחדשות 12, במהלכו טען כי הוא תומך בטיפולי המרה ללהט"ב. נתניהו: "דבריו לא מקובלים עליי"
התרעות פיקוד העורף