ארגונים רבים בקהילה הגאה מתחו ביקורת על שר החינוך, וטענו כי מדובר בגילוי של הומופוביה מצד מי שאמור להיות מופקד על מערכת החינוך, ומתוקף כך גם על בני ובנות נוער מהקהילה. אוהד חזקי מנכ"ל האגודה למען הלהט"ב אמר כי "הודעות הגינוי הרפות של נתניהו ושרי הליכוד או ההבהרה שפרסם השר פרץ לא משנות לרגע את העובדה ששר החינוך של מדינת ישראל הביע תמיכה בטיפולי המרה ואף הודה כי עסק בכך בעצמו כמחנך. טיפולי המרה הם פשע שנאה". ארגון הנוער הגאה, "איגי", הוסיף כי "אסור לאיש לכפות על אף נער או נערה להילחם בהעדפה או זהות מינית ומגדרית. אסור להציע לאנשים צעירים להישאר בארון או גרוע מזה, לחיות בזהות בדויה. אלימות מהסוג שבטעות קוראים לה 'טיפולי המרה' צריכה לצאת מהחוק, אנחנו נמשיך להיאבק כדי שלכל נערה ונער בישראל יהיו חיים גאים ובטוחים".
הביקורת על דבריו של שר החינוך הגיעה גם מצד בכירי הקהילה הרפואית בישראל, שדחו את טענות השר על יעילות הטיפול השנוי במחלוקת, וטענו כי הוא מסכן את חיי המטופלים. ד"ר צבי פישל, יו״ר איגוד הפסיכיאטריה בישראל, אמר: "אני מתבייש ומודאג ששר החינוך של מדינת ישראל לא רק שמתבטא בעד תופעת טיפולי ההמרה אלא אף מעיד על כך שביצע אותן בעצמו. כפי שקבעה ההסתדרות הרפואית, איגוד הפסיכיאטריה בישראל ואיגודי רופאים רבים נוספים בישראל ובעולם - אין טיפול שיכול להמיר את האוריינטציה המינית של אף אדם. טיפולי ההמרה לא רק שהוכחו מדעית שהינם חסרי תועלת, הם מהווים סכנה, ומסבים נזק חמור לנפשו של המטופל בעצם תחושת הכישלון ועלולים להוביל עד להתאבדות. שר החינוך, בהתבטאותו האומללה, מסכן את חייהם של אנשים רבים". הסתדרות הפסיכולוגים בישראל אף שיגרה לשר מכתב, בו היא פירטה את סיכוני "טיפולי ההמרה", ואמרו כי "התבטאויות כמו זו שהשמעת מסכנות אלפי בני ובנות נוער אשר חווים קושי סביב סוגיות של משיכה וזהות מינית. אנו מפצירים בך לפגוש אותנו, ללא שהות או דחיה".
כזכור, במהלך ראיון שהעניק שר החינוך בחדשות 12, הביע פרץ את עמדותיו לגבי הקהילה הגאה, והודה כי הוא מאמין בטיפולי המרה להומוסקסואלים, אשר נועדו לשנות את נטייתם המינית, ואף הוסיף כי הוא לקח חלק בטיפולים כאלו. כאשר נשאל בנושא זה ענה השר כי "אני חושב שכן ניתן להמיר להט"בים. אני יכול להגיד לך שיש לי היכרות עמוקה מאד בנושא החינוך וגם עשיתי את זה". לאחר מכן הבהיר פרץ כי הוא לא מאמין בכפיית הטיפול, וכי מערכת החינוך בראשותו "תמשיך לקבל את כל ילדות וילדי ישראל באשר הם, ללא שום הבדלי של נטייה מינית".
התרעות פיקוד העורף