בכך, השלימו הכוחות המשולבים של שב"כ והמשטרה את לכידתם של כל ששת האסירים הנמלטים, שבועיים אחרי שיצאו מפתח המנהרה שחפרו אודות למחדליהם של אנשי שב"ס בכלא.
לאחר שבסוף השבוע נתקבלה ההחלטה לפזר את כוחות צה"ל ממערך החיפושים ולהתמקד במידע מודיעיני בלבד, תוך השארת כוחות שב"כ, משטרה ומג"ב במערך החיפושים, התקבל סמוך לחצות המידע לפיו שני המחבלים, נמצאים בדירת מסתור בג'נין. התארגנות מהירה של הכוחות ויציאה לביצוע המשימה הלא פשוטה בתוך ג'נין, הפתיעה גם את תושבי המקום ובעיקר את שני המחבלים, שהבינו שהבית בו מצאו מסתור מכותר והכוחות לא יהססו לפתוח באש ולחסלם.
גורם המעורה בפרטים סיפר למעריב: "המידע הגיע לשב"כ סמוך לחצות וההתארגנות הייתה מהירה ונחושה. הגענו למקום כיתרנו את הבית, פתחנו בירי וכרזנו להם לצאת ואכן הם יצאו כשידיהם למעלה ללא התנגדות . בנוסף, ביצענו מעצר של שני סייענים שהובלו גם הם לחקירה. מבחינתנו המצוד הסתיים בהצלחה מרבית אודות לשיתוף הפעולה בין הכוחות".
שני המחבלים, כמאמג'י ואנפיאעת, יצאו מהדירה בכניעה, היישר לידיהם הפתוחות של לוחמי ימ"מ וכוחות שב"כ אשר הצמידו מטפחת לעיניהם והובילו אותם לחקירה במתקן שב"כ.המעצר של השניים הגיע כשש שעות וחצי בלבד לפני שארבעת חבריהם ושותפיהם לבריחה הנועזת יובלו לבית משפט השלום בנצרת בדרכם להארכת מעצר.