במהלך חצי השנה האחרונה, העמידה 'הקרן למורשת הכותל המערבי' דוכנים ייעודיים לאיסוף פתקי תפילה ברחבי הארץ, בהם קניונים מרכזיים, שטחי כינוס של חיילים, מחלקות שיקום בבתי חולים, ומתחם 'הנובה' בו אירע הטבח הנורא. מעל 15,000 פתקים נאספו מהדוכנים, מתוכם כשליש מהפתקים נאספו ממתחם הנובה. פתקים אלו נכתבו ע"י מכרים ובני משפחותיהם של החטופים, ומישראלים ותיירים, שהגיעו לביקור הזדהות במקום והתייחדות לזכרם של הנרצחים.
הפתקים שנאספו הוטמנו על יד רב הכותל המערבי והמקומות הקדושים בין אבני הכותל, בתפילה לחזרתם המהירה של החטופים והנעדרים, לשלום החיילים וכוחות הביטחון הנלחמים בחזיתות השונות, לרפואת הפצועים ולשלום עם ישראל.