האתר שבו התגלתה הכנסייה עם החרותות ברהט שכן בסמוך לדרך רומית עתיקה, שהוליכה מעיר הנמל עזה שלחוף הים התיכון, אל באר שבע, העיר הראשית בנגב. "הצליינים הגיעו למסע עליה לרגל שעבר לאורך הדרכים הרומיות, אל האתרים הקדושים לנצרות, כמו ירושלים, בית לחם, המנזרים שבהר הנגב, וסיני. "אפשר להציע, שתחנתם הראשונה לאחר שירדו מהספינות בנמל עזה, הייתה הכנסייה שהתגלתה בחפירות שערכנו מדרום לעיר רהט. זו, נמצאת במרחק של כחצי יום הליכה מעיר הנמל", אומרים החוקרים.
לדברי פרופ' דבי צויקל מהחוג לציוויליזציות ימיות באוניברסיטת חיפה, "אחת הספינות שנחרתו על קיר הכנסיה מתוארת בקווים כלליים, אך ניתן להבחין בחרטום המעט מחודד שלה, ובמשוטים משני צדי כלי השיט. ייתכן שהחרותת מציגה מבט על של הספינה, אם כי נראה שהמדובר בניסיון של האומן להציג את הספינה בתלת-ממד. ייתכן שהקווים בירכתי הספינה מייצגים את השובל שהשאירו המשוטים בים. חרותות של ספינה או צלבים, שהותירו אחריהם צליינים נוצרים כעדות לביקורם באתר עליה לרגל, מוכרות לנו גם מכנסיית הקבר שבירושלים".
חרותת נוספת מתארת מה שנראה כספינת סוחר דו-תרנית. התורן הראשי ללא מפרש, אך נראה שקיים נס קטן בקצהו העליון. התורן הקדמי, נטוי מעט כלפי החרטום ונושא מפרש המכונה ארטמון. רמת הפירוט הגבוהה בחרותת מצביעה על כך שהיא נעשתה על ידי אדם שהתמצא בנושאים ימיים. "מכיוון שהספינה הפוכה, סביר להניח שמי שהניח את האבן בעת בניית המבנה לא היה מודע להימצאות החרותת, או לא היה מעוניין בה".
לדברי אלי אסקוזידו, מנהל רשות העתיקות, "הגילוי המפתיע והמיוחד של עיטורי ספינות בכנסייה מהתקופה הביזנטית בצפון הנגב, פותח צוהר לעולמם של עולי רגל נוצריים שפקדו את ארץ הקודש לפני כ-1500 שנה, ומספק עדות ממקור ראשון על הספינות בהן הפליגו, ועל עולם הספנות הקדום. אני מזמין את כל מי שמתעניין בארכיאולוגיה לכנס רהט הראשון, שיתקיים בתחילת יוני, ובו יוצגו תגליות רבות שנחשפו במהלך החפירה הגדולה שניהלה רשות העתיקות בעיר".
התרעות פיקוד העורף