יום הכיפורים מהווה אתגר ביטחוני בכל שנה, אך השנה הכוננות הנוספת והחששות מפיגועים וירי טילים ושליחת כטב"מים מצפון, ממזרח ומדרום מוסיפים ממד חדש של דריכות.
לקראת יום הכיפורים, המשטרה ומערכת הביטחון נערכות בכוננות מוגברת בשל החשש לפיגועים. המשטרה תציב כיתות כוננות סביב בתי כנסת וריכוזי מתפללים ברחבי הארץ, תוך דגש מיוחד על אזורים רגישים כמו מרכזי הערים הגדולות. מספר סיורי המשטרה יוגבר, והכוחות יקבלו הנחיות להישאר במצב של כוננות גבוהה לכל אורך הצום.
לנוכח הצפי להגעת רבים לעיר, ובפרט למרכז העיר ולכותל המערבי, משטרת ישראל הגבירה בימים אלה את פעילותה באזור, ובפרט סביב העיר העתיקה וסמטאותיה.