ישראל היא המדינה היחידה בה מתקיים מעקב רב-שנתי מפורט אחר אוכלוסיית השקנאי המצוי הנודדת העולמית והשנה בוצע לראשונה גם פרוייקט המישדור הרחב שלהם בשיתוף חיל האוויר. בסתיו האחרון נכנסו במשך 78 ימים לישראל כ-41,100 שקנאים. כ- 1025 נשארו בארץ במהלך החורף.
בשל גודלם, מוגבלת יכולתם של השקנאים לאגור אנרגיה שתנוצל במהלך הנדידה, ועל כן חלק ניכר מהשקנאים המגיעים לישראל, בהיותה ציר עיקרי במסלול הנדידה, ניזונים בה כדי להשלים את הנדידה עד ליעדם באפריקה. היות שרוב מקורות המים הטבעיים שהתקיימו בעבר בישראל יובשו או צומצמו, השקנאים חונים בעמקי הצפון ובמישור החוף הצפוני כדי לאכול מבריכות הדגים שמגודלים למסחר, ובכך מסבים נזק כלכלי לענף המדגה.
לאחר איתור השקנאים באמצעות פעולות הספירה הם מסולקים מהמדגים ומכוונים על ידי אנשי רשות הטבע לבריכות ולמאגרי מים ייעודיים שהם ממלאים בדגים להזנתם בשלושה מוקדים בארץ: בעמק החולה, במשמר השרון ובעמק יזרעאל, משם הם מוסטים כדי להרחיקם מבריכות הדגים בעמק חרוד וגם מסכנות שטומנת להם פעילות בסיס חיל האוויר באזור.
אוכלוסיית השקנאי המצוי החולפת בישראל מוגדרת מין מוגן באמנת המינים הנודדים משום שגורמים רבים מאיימים עליה, בהם ציד, הרעלות ממתכות כבדות, הסתבכות ברשתות דייגים, היתקלות בכלי תעופה והתנגשות בכבלי חשמל. בארץ פועלים ברט"ג גם בגירוש השקנאים מקרבת קווי מתח גבוה ובעונה זו תועדו 21 שקנאים פגועים, מספר נמוך בהשוואה לשנים קודמות.
התרעות פיקוד העורף