אלי כהן התגורר בהרצליה ונדיה תושבת העיר עד היום. בנוסף, בהרצליה ממוקם מוזיאון אלי כהן שמציג את תחנות חייו באמצעי המחשה מתקדמים עם מיצגים וחפצים מקוריים שלא הוצגו מעולם.
לדברי ראש העיר הרצליה יריב פישר: "התרגשתי מאוד לשמוע על מציאת מסמכים ותמונות של אלי כהן ז"ל, 'האיש שלנו בדמשק', מהמרגלים הגדולים שידעה מדינת ישראל. אלי פעל בתוך מדינת אויב בנחישות ואומץ לב, תוך סיכון אישי אדיר, מתוך תחושת שליחות וחובה למדינת ישראל שאותה כל כך אהב".
"פעולותיו ההרואיות הן סמל לאהבת המדינה ואחריות לביטחונה ועתידה" סיפר. "אלו הן ערכים שחובה עלינו לזכור ולהזכיר לדורות הבאים, כל הזמן, ובמיוחד בימים אלה בה מדינת ישראל תמודדת עם איום ביטחוני גדול ממדינות אויב, בכל החזיתות".
"עיריית הרצליה רואה בהנצחתו של אלי כהן חשיבות רבה. הרצליה מנציחה את זכרו ברחוב על שמו, אירועים לכבודו וכמובן, המוזיאון על שמו. כולי תקווה שמציאת המסמכים והתמונות יובילו בהמשך הדרך גם למציאת עצמותיו והבאתן לקבורה במדינת ישראל. אני בטוח שהדבר יסב נחת וסגירת מעגל לבני משפחתו וקרוביו".
התרעות פיקוד העורף