ברכבת ישראל החלו מיד בעבודות לאיסוף ופינוי חלקי התשתית שנפגעו, והתגברו את צוותי השטח במטרה לקצר ככל האפשר את משך התיקון. במקביל, החברה נערכת להפעיל בימים הקרובים את כל רכבות הדיזל, בניסיון לצמצם את הפגיעה בשירות הנוסעים.
בשל המשך העבודות, הבוקר (שישי) לא יופעלו רכבות בין תחנות בנימינה ונתניה, ובין תחנות תל אביב ההגנה ללוד ולנתב"ג. יתר הקווים פועלים במתכונת מותאמת: קווי באר שבע–לוד ובית שמש–לוד פועלים כסדרם, קו אשקלון–בנימינה פועל מדרום עד לוד בלבד, וקווים נוספים – ובהם ראשונים, יצחק נבון–נתב"ג, אשקלון–הרצליה, נהריה–באר שבע (מצפון עד בנימינה), מודיעין–יצחק נבון, קו העמק וקו כרמיאל–חוף הכרמל – פועלים במתכונת מלאה.
לצד זאת, רכבת ישראל מפעילה היסעים חלופיים בתחנות תל אביב סבידור מרכז, לוד, נתב"ג, נתניה, בנימינה, חיפה חוף הכרמל ומודיעין מרכז. לנוסעים בין תל אביב לחיפה ולצפון מומלץ להשתמש בקווי אוטובוס מתוגברים ממסוף 2000, מתחנה מרכזית חוף הכרמל וממרכזית המפרץ. נוסעים בין ירושלים לתל אביב מתבקשים להשתמש בקווי האוטובוס ממסוף 2000 ומהתחנה המרכזית בירושלים.
מרכבת ישראל נמסר כי "ברכבת ישראל מתנצלים על אי הנוחות ומבטיחים לעדכן את הציבור בהמשך".