משפטו של פולארד נפתח סמוך למעצרו. כעבור כשנה וחצי הסכים לעסקת טיעון. הודה והורשע בעבירה בודדת של מסירת מידע לבעלת ברית ללא כוונה לפגוע בארצות הברית. התביעה ביקשה 20 שנות מאסר, אבל כמה ימים לפני גזר הדין התהפך עליו עולמו. ויינברגר העביר לבית המשפט מזכר חסוי. ב־46 עמודים פירט נזקים שפולארד גרם לביטחון הלאומי.
על פי אחד הסעיפים, חשף 24 סוכני CIA שהוצאו להורג בברית המועצות. רק ב־1994 תופרך העלילה. אולדריץ' איימס, חפרפרת סובייטית בכירה ב־CIA, נתפס והודה שהוא שהסגיר את הסוכנים. בית המשפט, שלא היה מחויב לעסקת הטיעון, ביטל אותה. פולארד נידון למאסר עולם עם המלצה שלא לחון אותו. על אן הוטלו חמש שנות מאסר. עקב בריאותה הרופפת שוחררה מוקדם יותר. זמן קצר אחר כך פולארד התגרש ממנה, משום שלא ביקרה אותו בכלא.
"לא, היו מקרים רבים, חמורים משלי, שסוכני מדינות ידידות נתפסו והיה שקט. האמריקאים ידעו מה המידע שהעברתי ושהוא לא הגיע לרוסים. ממסמך שנדרשו לי 25 שנה להשיגו מתברר שהנזק היה שהכעסתי כמה בעלי ברית של אמריקה - כלומר את סעודיה - שחיזקתי מדי את ישראל, ואני אומר הלוואי", מספר פולארד בריאיון "למעריב".
בית הכלא שאליו הועבר לאחר המשפט נראה כמרכז יום לקשיש. קטן, תמים ומחוק במדינת אילינוי. "בראשי חלפה מחשבה מטומטמת: ‘הו, יש לי בית, הכל בסדר'". אבל מה שראה היה רק קצה המנהרה. ראשית המסלול של מעלית שהסיעה אסירים אל התופת. רגע לפני שצלל אף הוא ניגש אליו סוהר ענקי והציע לו להיפרד מהיקום, מכל מה שנראה לו מובן מאליו: "הבט לשמיים, ראה את הדשא, תנשום את האוויר. בפעם הבאה תצא אליהם בשק מתים", והוא השיב: "אלוהים מנהל את העולם, לא אתה".
הענק העיף בו מבט מצמית ופלט: "עוד נראה". המעלית צנחה, עצרה, והוא נדחס לקבר בבטן האדמה. 3 מ"ר שלא אפשרו לו להזדקף. כיור קטן ואסלה זערורית יהיו מעתה כל עולמו. בלי קריאה, בלי כתיבה, בלי טלפון, בלי טלוויזיה, בלי ביקורים, בלי לצאת מהתא. "קברו אותי חיים".
מ־150 מ' תחת פני האדמה ניהל את שיחתו הראשונה עם אלוהים: "אמרתי לו שאני בצרה צרורה, ואני מצטער שלא פניתי אליו קודם, אבל נראה לי שעכשיו זאת שעה מתאימה". אסיר מס' 09-185-016 אימץ את מתכונת המו"מ של אברהם עם אלוהים על הצלת סדום ועמורה. העברי סגר עם בוראו שאם יימצאו עשרה צדיקים בערים החוטאות לא יחריבן. פולארד שאל בסוף התמקחותו: "אם אעשה חמישה דברים טובים, תחמול עליי?". הוא התחייב לשמור שבת, לשמור כשרות, להפריש מעשר, לתת צדקה ולקדם אחדות.
האסיר הישיר מבט אל איש הסוכנות לביטחון לאומי שליווה את הדובר ושאל: "האם האיש הזה אומר לי להרוג את עצמי?". האמריקאי הניד בראשו וסילק מהתא את שליח המוות. "ואל תפגע בעצמך למען הפוליטיקאים האלה", הזהיר את פולארד, "כולם אותו דבר".
אבל בכלא באטנר המוות ארב לשעת כושר. הפעם ביקש לעוט עליו מכיוון מה שייקרא "פרשת איראן קונטראס". פולארד ניסה להשתמש במידע שהחזיק על מעורבות הממשל בפרשה הנכלולית כדי להינצל מהמאסר. האמריקאים, לטענתו, ניסו להשתיק אותו לנצח.
התרעות פיקוד העורף