בנוסף לכך, בהקשר אחר, לפני כחודש, משרד התפוצות והמאבק באנטישמיות, העומד בראש הצוות הבין־משרדי לרישום ופיקוח על ארגונים בינלאומיים הפועלים ביהודה ושומרון וברצועת עזה, הוביל החלטת ממשלה הקובעת כי ארגון בינלאומי שלא יפעל בשקיפות מלאה מול רשויות המדינה - רישיונו יישלל.
העברת המידע המלא בדבר זהות העובדים המקומיים מצופה מכלל הארגונים המבקשים להירשם בהתאם לנוהל, וכפי שהובהר לאורך כל הדרך, מדובר בדרישה ביטחונית ראשונה במעלה. דרישה זו נובעת מהוכחות חד משמעיות ובלתי ניתנות לערעור לכך שעובדים ב-MSF ובארגוני סיוע נוספים פעלו במקביל כפעילי טרור, והיו מעורבים בפיגועים נגד חיילי צה"ל ואזרחי מדינת ישראל.
תחילה סירב ארגון "רופאים ללא גבולות" (Médecins Sans Frontières, MSF) לחשוף את זהות עובדיו כנדרש, למרות ההוכחות החד משמעיות כנגד עובדיו. אולם כיום, לאחר מאבק ועמידה איתנה לקיים את ההחלטה על פיה, ה-MSF הודיע כי יציית להחלטה. המשרד מצפה לקבל מ-MSF את רשימת השמות, במהירות האפשרית ובתקווה שכלל העובדים יעמדו בקריטריונים שנקבעו. במידה והארגון לא יעמוד בהתחייבויותיו ובדיווחי השקיפות במלואם, רישיונו יישלל ב-1 במרץ 2026, והוא יחדל מלפעול בשטחי הרצועה ויו"ש.