בתגובה הרשמית נטען כי החלטת הממשלה התקבלה במסגרת מרות הממשלה הנבחרת על צה"ל, לאחר הליך מנהלי תקין ועל בסיס תשתית משפטית מוצקה, בליווי הייעוץ המשפטי למערכת הביטחון. המדינה מדגישה כי גלי צה"ל הוקמה בהחלטת ממשלה ולא בחקיקה ראשית, ולפיכך גם ההחלטה על סגירתה התקבלה כדין בהחלטת ממשלה, כפי שנעשה ביחס ליחידות צבאיות אחרות.
לטענת המדינה, עצם קיומה של תחנת רדיו העוסקת באקטואליה ובפוליטיקה כחלק ממסגרת צבאית מהווה "אנומליה", מצב חריג שאינו מקובל בדמוקרטיות מערביות. בתגובה מצוטטות עמדות רשמיות שנמסרו לאורך השנים מטעם צה"ל, שלפיהן יש לשאוף ל"אפס חיכוך בפוליטיקה", וכי עיסוק של חיילים בתכנים פוליטיים עומד בסתירה לעקרונות הממלכתיות והנייטרליות של הצבא.
עוד נטען כי לאורך השנים כמעט ולא הייתה ממשלה, שר ביטחון או רמטכ"ל שלא שקלו את האפשרות לסגור את התחנה בשל אותה אנומליה. גם בעניינה של ההחלטה הנוכחית, כך לפי המדינה, עמדת צה"ל הרשמית שנמסרה הייתה חד-משמעית: "אפס, לא מינימום, אפס חיכוך בפוליטיקה. זו עמדת הצבא".
עוד מדגישה המדינה כי אין מדובר ב"הסדר ראשוני" המחייב חקיקה בכנסת, אלא בהחלטה מנהלית המצויה בליבת סמכותה של הרשות המבצעת בכל הנוגע לצה"ל. לדבריה, המצב הנורמטיבי לא השתנה לאורך השנים, וההבדל היחיד בין העבר להווה הוא זהות הממשלה המכהנת. "במדינה עם שלטון חוק", נכתב בתגובה, "הדין המנהלי אינו משתנה אך משום חילופי ממשלות".
התרעות פיקוד העורף