בהודעת בית הנשיא נמסר: "לאחר שנים ארוכות שבהן נשא אזריה בתוצאות מעשיו, סבור הנשיא כי מכלול הנסיבות, חלוף הזמן והצער שהביע מצדיקים לאפשר לו לפתוח דף חדש בחייו. החלטה זו התקבלה גם ברוח הימים הללו ומתוך אמונה בחשיבותם של תיקון, פיוס והיכולת להמשיך קדימה".
נשיא המדינה הדגיש כי החלטתו אינה באה לערער או לפגום בהליך המשפטי שהתנהל בפרשה ואינה מהווה בחינה מחודשת שלו. הנשיא רואה בתפקידה של מערכת המשפט הצבאית כלי חיוני בשמירה על שלטון החוק, על ערכי צה"ל, על עקרונותיו ובפרט ההקפדה על טוהר הנשק. הנשיא מבהיר כי מוסד החנינה הוא מוסד של חסד, הוא אינו ערכאת ערעור. גם אזריה בפנייתו הבהיר כי אין לו כוונה לפתוח את הנושא מחדש.
ההליך הפלילי עצמו הסתיים לפני שנים, והחלטת הרצוג אינה משנה אותו. הרישום הפלילי ממשיך להתקיים גם לאחר סיום ריצוי העונש. החוק קובע שתי תקופות נפרדות - תחילה תקופת התיישנות ולאחריה תקופת מחיקה. ככל שמתקדמים בשלבים האלה מצטמצם מעגל הגופים הרשאים לקבל את המידע ולהביאו בחשבון. במקרה של אזריה, תקופת ההתיישנות כבר חלפה, אך תקופת המחיקה טרם הסתיימה.
המשמעות המעשית של החלטת הרצוג היא קיצור מיידי של יתרת תקופת המחיקה, במקום להמתין עד שתסתיים מכוח החוק. מרגע שהרישום נחשב למחוק, חלות עליו ההגנות הרחבות הקבועות בחוק והאפשרות למסור את המידע עליו מצטמצמת למעגל מצומצם במיוחד של גופים ובעלי תפקידים שהחוק מתיר להם לקבל מידע גם לאחר מחיקה.
לכן המונח "מחיקה" עלול להטעות: ההרשעה אינה נמחקת מההיסטוריה ואינה מתבטלת משפטית, אך מבחינת השימוש במידע הפלילי אזריה עובר לשלב המוגן ביותר שקובע החוק.
נציין כי הרמטכ"ל לא הביע את עמדתו כלל בתהליך, כך שההחלטה היא לא בניגוד לעמדתו. כפי שכתוב בהודעה, אזריה הביע צער במסגרת התהליך.
שר הביטחון ישראל כ"ץ חלק על העמדה הזאת והמליץ לנשיא להיעתר לבקשה. הרצוג בחר לבסוף בעמדתו של כ"ץ, לאחר שנתן משקל לחלוף הזמן, לכך שאזריה נשא בעונשו, לשינוי בנסיבותיו האישיות והמשפחתיות ולדברים שכתב בבקשתו על ערכי צה"ל ועל הצער שהוא חש בעקבות השלכות הפרשה.
שר הביטחון ישראל כ"ץ מסר: "אני מברך את נשיא המדינה יצחק הרצוג על החלטתו לקבל את המלצתי לחון את אלאור עזריה ולמחוק את רישומו הפלילי. ערב יום הכיפורים, זו החלטה נכונה, אנושית וראויה, המבטאת את רוח הסליחה ואת האפשרות לפתוח דף חדש".
"הרישום הזה לא היה צריך להיות מלכתחילה, אם הוראות הפתיחה באש היו שונות. אלאור, עם ישראל אוהב אותך ועומד לצידך. אני מברך את הנשיא על ההחלטה החשובה".
"ובאותה הזדמנות, אני קורא לנשיא הרצוג לחון גם את ראש הממשלה נתניהו. התיקים התפורים נגדו לא מחזיקים מים, והולכים ומתפוררים בבית המשפט. הגיע הזמן לשים סוף לעוול הזה. אדוני הנשיא, קיבלת היום החלטה חשובה - עכשיו קבל החלטה אמיצה נוספת: חון את ראש הממשלה וסיים את הסאגה הזאת אחת ולתמיד".