במהלך הדיון תקף השר אורי אריאל את השרה לבני שהובילה את ההתנגדות לחוק ואמר: "לעיתים זה נשמע כאילו המתיישבים הם בסדר בשביל לשלם מיסים, להילחם ולמות, אבל לא בשביל לחיות". הוא סיפר לדוגמא כי חוק המוזיאונים ביהודה ושומרון, שהוא טיפל בו באופן אישי "נמרח" ע"י צו אלוף במשך יותר מחמש שנים.
"לא תשכנעו אותי, בתור אחד שקצת מבין, שנעשית פה פעולה רצינית בעניין. לא נעשתה עד היום עבודה רצינית ואם כן, היה מה לשקול פה. יש כאן אפלייה בוטה, תפסיקו עם ההתחמקויות המיותרות. חובות אתם יודעים לבקש, אבל כשזה מגיע לזכויות, אז מתנגדים. זה מבייש את המדינה היהודית והדמוקרטית. זה יותר מבושה וחרפה. לבני ניסתה לקטוע את דבריו אך זה דפק על השולחן ואמר בזעם: "אל תפריעי לי עכשיו, תני לי לסיים".
ח"כ דוד רותם (ישראל ביתנו) יו"ר ועדת חוקה חוק ומשפט, בין יוזמי החוק בירך ואמר: "מאות אלפי ישראלים מצביעים בכנסת אבל חייהם מנוהלים לא על ידה, אלא ע"י אלוף פיקוד המרכז. חוקים חשובים רבים כמו שירותי רפואה והצלה, נגישות נכים ואיכות סביבה לא חלים באיזורים אלו. מטרת החוק היא לאפשר נורמליות וצעד ליצירת שיוויון לכלל אזרחי ישראל בכל רחבי הארץ".
מנכ"ל שלום עכשיו, יריב אופנהיימר התייחס להחלטה ואמר: "המתנחלים לא נחים לרגע וגוררים את ישראל למדינה דו לאומית. החלטת הממשלה מספחת בפועל את השטחים לישראל. ההחלטה מייצרת מציאות משפטית שמפלה בין בני אדם ויוצרת בשטחים שתי מערכות חוקים. אחת ליהודים ואחת לפלסטינים.
ח"כ גלאון (מרצ) תקפה בחריפות את ההחלטה ואמרה :"הכנסת מבקשת לקחת על עצמה את סמכותו של המפקד הצבאי בשטחים, שהוא הריבון בשטח הכבוש, ולהחיל על ההתנחלויות את הנורמות הנוהגות בשטחי מדינת ישראל הריבונית, זאת בניגוד גמור להוראות הדין הבינלאומי שישראל קיבלה על עצמה.
"מי שבחר לגור בהתנחלויות ידע שמדובר בשטח כבוש, ועכשיו הוא זועק את זעקת הקוזק הנגזל ומבקש לעשות סיפוח דה פקטו של השטחים, תוך החלתו רק על המתנחלים, מה שמייצר מדיניות של אפרטהייד והפלייה בין דם לדם.
התרעות פיקוד העורף