הפרקליטות ביקשה מבית המשפט להאריך את מעצרו עד תום ההליכים המשפטיים. עו''ד ששי גז ושירן גולברי, המייצגים את הנאשם מסרו: "רק מקריאת כתב האישום עולות שאלות ותהיות רבות. מדובר באדם חף מפשע ואנו בטוחים שלאחר שנקרא ונלמד את חומר הראיות, הדברים יתבהרו".
על פי כתב האישום, שהוגש באמצעות עורכת הדין אביה גליקסברג–בניטה מפרקליטות מחוז ירושלים, החל משנת 2006 עסק שמיר במתן טיפול נפשי בדרך של ייעוץ וניהול שיחות, לרבות באמצעות דמיון מודרך (NLPׁׂׂ). בשנים הללו היו מצויים בני משפחתו של שמיר ובני משפחתן של האחיות בקשרים חברתיים הדוקים, וההורים נהגו להתייעץ עמו. במהלך השנים, שלחו ההורים גם את בנותיהם לקבלת טיפול משמיר, שם, על פי כתב האישום, נפלו קורבן למעשיו.
כשהייתה הבת הבכורה בת 17, ביקש אביה משמיר לטפל בה, בשל קשיים חברתיים שחוותה. על פי כתב האישום, שמיר הראה לנערה סרטים פורנוגרפיים, אנס אותה, ביצע בה מעשים מגונים וקיים עמה יחסי מין, במספר רב של הזדמנויות. במהלך שנות ה"טיפול", אמרה הנערה לנאשם מספר פעמים ש'זה קשה לה' וביקשה ממנו להפסיק, אך הוא לא עשה זאת.
הבת האמצעית הגיעה לטיפול אצל שמיר כשהייתה בת 20. הצעירה שיתפה את שמיר בפרטים אינטימיים מחייה והוא הטיל עליה מטלות שונות, כמו לכתוב את תחושותיה לגבי המשפט "אני בעלת משיכה מינית". הוא אף צילם תמונות אינטימיות שלה ואנס אותה. האחות הקטנה פנתה לשמיר לפני כשנה וחצי, כשעוד נחשבה קטינה על פי חוק, בעקבות מצוקה רגשית. על פי כתב האישום, הוא אנס אותה וביצע בה עבירה של בעילה אסורה בהסכמה.
התרעות פיקוד העורף