המשרד נערך היטב גם מול טענת חברת "חיפה כימיקלים" בערעור שהגיעה לבית המשפט נגד החלטה נפרדת לסגור את המיכל, לפיה סגירת המיכל תביא לפגיעה בכלל המפעלים במשק שצורכים אמוניה והוא קובע כאמור 'תקופת מעבר': "על מנת שהתעשייה תוכל למצוא מענה חלופי לאספקת האמוניה מבלי שפעילותה תיפגע ולהיערך למענה חלופי לאספקת אמוניה למשק בשעת חירום, ובהתאם לחוות הדעת של המועצה לביטחון לאומי (מל"ל) ובדיקה מקצועית שביצע משרד הכלכלה - תינתן למשק אורכה בת שלושה חודשים לצורך התארגנות להמשך ייבוא האמוניה, עד ל-1 ביוני 2017. בתקופה זו תספק חיפה כימיקלים את כלל צורכי המשק, ובכלל זה לשעת חירום. המשרד להגנת הסביבה מצפה מהמשק להתארגן במהלך אורכה זו להמשך".
במשרד להגנת הסביבה מדגישים: "החלטה זו הגיעה לאחר שחברת חיפה כימיקלים לא הצליחה להוכיח באופן מניח את הדעת כיצד תוכל להסיר את הסיכון לאוכלוסייה בהתאם למדיניות המשרד בנושא מרחקי הפרדה וכן מניעת הסיכון מאסונות טבע, ולא סיפקה אלטרנטיבות עם לוחות זמנים קצרים וברורים לסילוק המכל ולהסרת הסיכון מהמפרץ – זאת, בניגוד להנחיות שהציב המשרד בשימוע האחרון שנערך לחברה. לאור העובדה שאין פתרון באופק, עמדת המשרד היא כי מערך יבוא האמוניה מעמיד את הציבור ואת הסביבה בסיכון שאינו קביל - הן בזמן שגרה והן בזמן רעידת אדמה".
כנגד פסיקת בית המשפט שקיבל את עמדת עיריית חיפה גייסה "חיפה כימיקלים" טקטיקת הפחדה משלה ואיימה כי תפסיק לספק אמוניה לכמאה מפעלים בישראל, בהם מפעלים חיוניים, הזקוקים לגז המסוכן בתהליכי הייצור שלהם. אבל לאורך כל ההליך המשפטי של עיריית חיפה היתה תלויה ועומדת מעל גורלו של מיכל האמוניה דרישה נפרדת של המשרד להגנת הסביבה בשימוע שנערך ל"לחיפה כימיקלים" לפני כחודשיים על ידי המשרד להגנת הסביבה, להציג חלופות למיכל ולא – ישלל ממנו "היתר הרעלים", היתר שהלכה למעשה מאפשר את המשך קיומו של המתקן המסוכן למרות התנגדותה של עיריית חיפה.
באותו הליך נפרד של המשרד להגנת הסביבה נקבע בשימוע כי אם "חיפה כימיקלים" לא תציג למשרד חלופות למיכל עד פברואר, ההיתר שפוקע ב-1.3 לא יחודש. הבוקר הכריע השר להגנת הסביבה, זאב אלקין – המשרד לא ימתין עוד וההיתר ישלל.
עיריית חיפה מברכת על ההחלטה אך מסתייגת מתקופת הארכה עד יוני: "אנו מברכים את השר וצוות משרדו על ההחלטה המשמעותית. יחד עם זאת אנו חולקים על הצורך לאפשר עוד ארבעה חודשים ומציגים חלופות מיידיות. חשוב לציין שכל כניסה של אניית אמוניה למים הטריטוריאליים של מדינת ישראל מהווים סכנה מיידית".