שפי מונה ביוני 1976 למפקד השייטת, אך עם זאת, לא זכה לקידום לדרגת אלוף משנה כפי שהיה אמור, מאחר והיה תלוי נגדו תיק חקירה בגין גרימת מוות ברשלנות בתאונת אימונים. הוא שירת בתפקיד עד אוגוסט 1978 כאשר תחת פיקודו השתתפה יחידתו בין היתר במבצע ליטני בלבנון באותה השנה.
גדי שפי, מפקד שייטת 13 לשעבר, נפטר בגיל 75
הקצין האגדי שזכה לעיטור מופת במלחמת יום הכיפורים ופיקד על כוחות במבצע אביב נעורים ומבצע ליטני מצא את מותו בתיאלנד, נתן זהבי, חברו, נפרד: "איש שאהב את החיים"
התרעות פיקוד העורף