כזכור, גופתה של לוי נמצאה בגינה ציבורית באילת כשעליה סימני אלימות קשים. ארבעה ימים קודם לכן, הגיעה הצעירה לעיר על מנת לעבוד במלצרות, זאת לקראת תחילת לימודיה באוניברסיטה העברית בירושלים. אמה דיווחה למשטרה על היעלמותה, לאחר שלא הצליחה ליצור עמה קשר. המשטרה טענה בשלב מאוחר יותר, כי המקום שבו נמצאה גופתה לא שימש כזירת הרצח.
שרית, ראש צוות החקירה במשטרה סיפרה: "גופתה נמצאה באמצע פארק ציבורי בשעות לפנות בוקר, כשהיא מכוסה בשמיכות וראשה עטוף במגבת. נעצר חשוד אך הוא שוחר מהיעדר ראיות. התיק לא נסגר מעולם והמשיכו לעבוד על החקירה. ביוני 2022 הגיע גילוי DNA של חשוד שלא היה מוכר לנו, היכולות משנת 2003 התפתחו, השתכללנו עם השנים. האדם לא עלה בשום דרך. במשך 10 חודשים התחלנו בחקירה סמויה, בחודש מאי 2023 עצרנו אותו, וחקרנו אותו במשך 60 יום, עלינו ל-14 הארכות מעצר. התפתחנו לגילויים נוספים שקושרים את החשוד לרצח מרגריטה לוי. אין קשר בין החשוד שנעצר בשנת 2003 לחשוד שנעצר ב2023".
היא הוסיפה כי "אנחנו חושדים שהיה אונס ואז רצח. הוא שומר על זכות השתיקה בכל 12 החקירות. החשוד הינו סאמי אבו אל עאסל, ערבי בן 51 מיפו, יש לו עבר פלילי בתחום עבירות המין. הוא עבד באותה תקופה בבר באילת".
מפקד מחוז דרום, ניצב פרץ עמר: "אירוע הרצח המחריד של מרגריטה לוי ז"ל שהתרחש לפני 20 שנים הגיע לפענוח, בזכות עבודה מקצועית של שוטרי מרחב אילת, חטיבת הזיהוי של משטרת ישראל ובסיוע המכון הלאומי לרפואה משפטית. נמשיך לחקור בנחישות כל אירוע רצח לא מפוענח, וגם אם יחלפו שנים רבות לא נרפה והתיק יישאר פתוח, עד אשר נמצה את הדין עם העבריינים״.
התרעות פיקוד העורף