הנאשם בתיק 3000 מיקי גנור, דורש לבטל את הודאותיו במשטרה במסגרת חקירותיו. בין הטענות לפסלות, נמצאת הטענה כי גנור נחקר נגד ראש הממשלה בנימין נתניהו - למרות שגם לעמדת הפרקליטות לא התקבל אישור יועמ"ש לפתוח בחקירה נגד נתניהו בתיק 3000.
"רק אלוהים יציל את נתניהו מהכלא": האזינו לעימות בין ינון מגל לעורך הדין הבכיר
תיק 3000 נפתח: תת אלוף (במיל') שייקה ברקת מעיד בפרשת הצוללות
הפרקליטות הודתה: בוצע שימוש ברוגלות כלפי מעורבים בפרשת הצוללות
בתמצית הטיעונים למשפט זוטא, שהוגשה על ידי עורכי הדין רווית צמח ועמית ניר, נכתב: "חקירתו של גנור הייתה חלק ממאמץ חקירתי מובהק לאתר ראיות שיביאו להפללתו של ראש הממשלה בנימין נתניהו".
עורכי הדין טענו במסמך התמצית כי "לפיכך כלל החקירה, ובייחוד חקירת גנור כחשוד, טעונה הייתה הסכמת יועץ משפטי לממשלה, שכן נדרש ממנו מאת הגורמים הנוגעים בדבר, מראשיתה של החקירה, במהלכה ועד סופה, לסבך ולהפליל את בנימין נתניהו, ראש הממשלה, בין במישרין ובין בעקיפין באמצעות עוה"ד שמרון ומולכו בקשר לרכש הצוללות וכלי השיט, ובין באמצעות מעורבים אחרים".
לטענת צמח וניר, "גנור שימש "כלי משחק" מרכזי בידי הגורמים הנוגעים בדבר לצורך מימוש מטרה לא חוקתית פסולה זו. חקירה פלילית נגד ראש ממשלה אינה מתחילה אך ורק בחקירתו באזהרה. כל מאמץ חקירתי הכולל חקירת עדים ופעולות חקירה נוספות שהיעד שלהן חיפוש ראיות נגד ראש ממשלה הוא חקירה פלילית נגד ראש ממשלה, תכלית החקיקה וההיגיון המתחייב ממנה מחייבים פרשנות זו".
בנוגע לאי קיום אישור יועמ"ש, כתבו עורכי הדין כי בניגוד לתיקי האלפים המתבררים במשפט נתניהו בירושלים, "לפי הצהרות בא כוח הפרקליטות לפני בית המשפט הנכבד, אין מחלוקת כי בתיק 3000 מעולם לא ניתן אישור של היועץ המשפטי לממשלה לפתוח בחקירה פלילית נגד ראש הממשלה, על כל המשתמע מכך הן ביחס לחקירת גנור והן ביחס להסכם עד המדינה".