במשטרה מייחסים בפרשה חשד לעבירות הפרת אמונים. גורמים המעורים בפרטים מציינים כי המעבר מבדיקה לחקירה מעיד על חשד לביצוע עבירות של הפרת אמונים ועבירות נלוות. מהבדיקה עלה שבניגוד לתבחינים המוכרים במשרד החוץ, ובחלק מהמקרים גם בניגוד לעמדת הוועדה המקצועית, הוועדה ממליצה ובוחנת את הבקשות לדרכונים דיפלומטיים. השר הממונה דאז, אלי כהן, הורה למנכ"ל משרדו להנפיק את הדרכונים, ובחלק מהמקרים צוין שמדובר במתן הדרכון הדיפלומטי בנסיבות של שיקולי אבטחה, כפי שנראה במקרה של יאיר נתניהו שנמצא כרגע במיאמי.
עוד אומרים ל"מעריב" כי בשלב הזה עדיין בוחנים את המסמכים ואת האמצעים הממוחשבים לחומרים שנאספו הבוקר. זה ייקח מספר ימים לפחות עד שתתגבש החלטה, ואם אכן בוצעו עבירות במהלך הבדיקה ומי מעורב באותן עבירות, מיד לאחר מכן יתחיל שלב זימון לחקירה וגביית עדות. ככל שתידרש החקירה לזמן את השר אנרגיה אלי כהן ומנכ"ל משרדו לשעבר, המשטרה תפעל להשיג את כל האישורים הנדרשים ותוביל לבקשה להסרת חסינותו של השר לצורכי החקירה. במקביל תחקור המשטרה את מנכ"ל המשרד וגורמים נוספים במשרד שעסקו והיו מעורבים בהנפקת הדרכונים הדיפלומטיים לכאורה בחוסר סמכות ובניגוד לנהלים.
גורמים שמעורים בפרטים מציינים שכבר בשנת 2009, בעת כהונתו של אביגדור ליברמן כשר החוץ ומנכ"ל המשרד דאז, יוסי גל, אושרה בקשה דומה לשל משפחת נתניהו להנפקת דרכון דיפלומטי לבן יאיר. בקשה נוספת אושרה גם בשנת 2014, כאשר השר היה ליברמן ומנכ"ל משרדו באותם ימים היה ניסים בן שטרית. בשנת 2018, בתקופתו של המנכ"ל דאז יובל רותם, הוגשה בקשה להנפקת דרכון דיפלומטי גם עבור הבן אבנר נתניהו, וגם היא אושרה. כאמור, בקשה נוספת אושרה בשנת 2023 להנפקת דרכון דיפלומטי ליאיר נתניהו, כאשר השר באותם ימים היה אלי כהן והמנכ"ל רונן לוי.
התרעות פיקוד העורף