במשפט פלילי שמנהלת המדינה בימים אלו נגד תום ניסני, פעיל הר הבית בולט, נחשפת במקצת תפיסת המשטרה ביחס להר הבית ולשאלת הריבונות המעשית של ישראל על השטח הקדוש והנפיץ ביותר בישראל. תחילת הסיפור בסוף שנת 2014, אז נעצר פעיל הר הבית תום ניסני בגין הפרעה לשוטר במילוי תפקידו. לטענת המשטרה ניסני עצר באמצע הביקור, התיישב על הרצפה ולא הקשיב לשוטרים שדרשו ממנו להמשיך את הביקור עד לפתח היציאה. ניסני איש קבע באותו הזמן, נעצר ובילה את הלילה בתחנת המעצר, ולמחרת שוחרר בתנאים מגבילים.
 

השבוע השוטרים שעיכבו ועצרו את ניסני העידו בבית המשפט, אשר מתנהל אצל השופטת שרון לארי-בבלי מבית המשפט השלום בירושלים. על דוכן העדים התייצב רס"ר ראוף עליאן ששירת כסייר בהר הבית.  בעדותו טען עליאן כי העובדה שהערבים הקיפו את הקבוצה היהודית וצעקו לעברם "אללא הוא אכבר" איננה מהווה הפרת הסדר הציבורי ודווקא החלטת ניסני לשבת על הרצפה מהווה הפרה של הסדר הציבורי, והסביר: "אל תשווה את שטח הר הבית למקום אחר במדינה. יש הנחיות ויש כללים לשטח הר הבית. אתה רוצה להיכנס? יש תדריך מפורט שעוברים ומסבירים איך מתנהגים". עוד טען השוטר כי "יהודיים הם מבקרים בהר הבית, וערבים הם מקומיים".

גם פקד עידן בן נון, קצין המשמרת בהר הבית העיד בבית המשפט. לדבריו, האשם בתקיפת הערבים הוא ניסני שעשה פרובוקציה והחליט לשבת. "כמפקד בשטח, קודם כל אני צריך לדעת ממה נובעת ההפרת סדר. ברגע שאני רואה מה הגורם שמבצע את הפרת הסדר אותו אני מעכב. באותו רגע מי שהפר את הסדר וגם לאותם אנשים להתקיף אותו וסיכן את ביטחון הקבוצה, היה החשוד (תום ניסני א"ג)". הקצין אף אמר בעדותו כי הר הבית כלל לא קדוש ליהודים. "למי המקום קדוש?" שאל עו"ד בם. "למוסלמים" השיב הקצין. "וליהודים הוא לא קדוש?". על כך השיב הקצין: "מסגד אל אקצה לא מקום קדוש ליהודים". גם קצין זה קרא בעדותו למוסלמים 'מקומיים' בניגוד ליהודים אשר הינם 'מבקרים'.

היום הסתיימו סיכומי התביעה וההגנה בתיק, והשופטת לארי-בבלי החליטה כי הכרעת הדין תינתן בעוד שלושה חודשים. עו"ד יצחק בם המייצג את ניסני מסר למעריב-און ליין: "השוטרים יכלו להיות שחקנים בתיאטרון האבסורד. קבוצה של יהודים ישבה בשקט ליד שרידים ארכיאולוגיים במקום הקדוש ביותר אליו היהודים יכולים לגשת. קבוצה מאורגנת של מוסלמים התנפלה על היהודים בצעקות "אללה אכבר" והשוטרים עצמם העידו כי מדובר בסיטואציה מאיימת. במקום לטפל בהתפרעות של ערבים השוטרים דרשו מן היהודים לעזוב את המקום". עו"ד בם הוסיף כי "טענת המשטרה כי במצב זה הערבים לא עברו שום עבירה ואילו תום ניסני הפריע לשוטרים כי לא ברח מספיק מהר מן המקום היא אבסורדית, אך ההתנהלות של המשטרה נובעת מתפיסתם המעוותת של השוטרים לפיה הם רואים את הערבים כבעלי הבית ואת היהודים כמבקרים".