סאמי ופאטמה עלי כוסבה, הוריו של הנער מוחמד עלי כוסבה, עתרו היום (ראשון) לבג"ץ יחד עם האגודה לזכויות האזרח, בדרישה שבית המשפט יורה ליועץ המשפטי לממשלה להגיש כתב אישום נגד אל"מ ישראל שומר בגין הריגתו והפקרתו של בנם. כמו כן, העותרים דורשים למנוע את מינוי של אל"מ שומר לתפקיד מפקד חטיבת הנח"ל.

ביולי 2015, בעת ששומר שימש כמפקד חטיבת בנימין, יידה עלי כוסבה בן ה-17 אבן גדולה על שמשת הג'יפ של שומר, כשנסע סמוך למחסום קלנדיה, ונמלט מיד מהמקום. שומר יצא מהג'יפ, רדף אחרי כוסבה וירה לעברו שלוש יריות. לאחר מכן התקרב לנער, ששכב מדמם על הקרקע, ואז חזר לג'יפ ונסע מהמקום יחד עם חייליו, מבלי שהגישו סיוע לנער הפצוע ומבלי שהזעיקו סיוע רפואי. מאוחר יותר נקבע מותו של כוסבה.

במהלך חקירתו במצ"ח מסר שומר שתי גרסאות שונות וסותרות לאירוע. בהתחלה סיפר כי טמנו לג'יפ בו נסע מארב, וכי עלי כוסבה היווה סכנה גם אחרי שנמלט, משום שהחזיק "משהו" בידו. לדברי שומר, הוא ביצע נוהל מעצר חשוד ופעל בהתאם להוראות הפתיחה באש שמתירות ירי על מנת לפגוע "בנסיבות סכנה מיוחדות, כאשר נשקפת סכנת חיים ממשית ומיידית". עוד סיפר שומר, כי כוסבה עמד עם הפנים אליו, ושהוא ירה לכיוון הברכיים של הנער. כנשאל מדוע הפגיעה הייתה בפלג הגוף העליון של כוסבה, השיב שכנראה הנער התכופף.

גרסה זאת נסתרה על ידי עדויות חיילים אחרים ועל ידי סרטון שתיעד את האירוע. לאחר שצפה בסרטון שינה שומר את גרסתו ואמר כי ירה בכוסבה כשזה היה עם הגב אליו והפגיעה בפלג הגוף העליון נגרמה מכך שאת הירי ביצע שלא בין כוונות ותוך כדי ריצה. שומר הגדיר את מעשיו כ"שגיאה מקצועית" ולא רשלנות. עמדה זו אומצה על ידי הפצ"ר. לאחר הגשת הערר נגד סגירת תיק החקירה על ידי האגודה לזכויות האזרח, החליט הרמטכ"ל לעכב את קידומו של שומר, והורה כי יהיה עליו למלא תפקיד אל"מ נוסף לפני שיישקל קידומו העתידי לתא"ל.

בעתירה, שהוגשה באמצעות עורכת הדין רוני פלי מהאגודה, נכתב כי אל"מ שומר אינו חייל בלתי מנוסה הנתקל לראשונה בסיטואציה מבצעית, וכי מקרה זה בוודאי לא היה אחד האירועים הסבוכים או הקשים שבהם נתקל שומר בקריירה הצבאית הארוכה שלו. "אין כל סיבה להניח שדווקא הנער המנוח, בעת שניסה כמיטב יכולתו להימלט - הותיר את המשיב אובד עצות וחסר אונים עד כדי כך, שפעל ללא יכולת להפעיל שיקול דעת סביר", נטען בעתירה.

עוד נטען, כי "בהתחשב בדרגתו הגבוהה ובתפקידו הרם של אל"מ שומר, ניסיונו והעובדה שעליו לשמש דוגמא לחייליו, סגירת תיק של מקרה בו נעברה באופן כה מובהק עבירה, שהביאה למותו של נער, משדרת מסר חמור של זלזול בחיי אדם".

בנוגע להחלטה למנות את שומר למפקד חטיבת הנח"ל, בעתירה נכתב כי פיקוד על חטיבת הנח"ל הוא אחד התפקידים היוקרתיים שממלאים אלופי משנה, ולכן קידום זה אינו סביר לאור החשדות הכבדים התלויים מעל ראשו של שומר.