בבקשה למתן צו ביניים וקיום דיון דחוף בעתירה נכתב כפי שבור"ה טוענים לאורך כל הדרך, כי ההחלטה שלא למנות את פרופ' אמיתי לתפקיד פסולה משום ש"התקבלה על יסוד שיקולים זרים והינה בלתי סבירה באופן קיצוני ואינה יכולה לעמוד". עוד הדגישו בבקשה כי "בלא איוש של מועצת הנגידים, לא ניתן לקיים את הכינוס השנתי של הקרן הצפוי להתקיים במהלך חודש יולי" וציינו כי על מנת לעמוד בלוח הזמנים הנדרש לצורך כינוסה השנתי של מועצת הנגידים, נדרש כי עד מחצית חודש יוני - המועד בו מעבירים את חומר הרקע לנגידים במועצה, יושלם הליך המינוי של הנגידים במועצה כדי שיוכלו ללמוד את החומר עד לכינוס הצפוי בעוד כחודשיים.
מוועד ראשי האוניברסיטאות נמסר כי "משמעות הותרת החלטתו של השר על כנה הינה פוליטיזציה של השירות הציבורי. דווקא עכשיו אחרי הבחירות, ראוי שהממשלה החדשה תבהיר באופן ברור שטובת המדינה בחיזוק מדע בלתי תלוי ופורץ דרך, חייבת להיות מעל כל שיקול פוליטי".
כזכור, בחודש יולי מנע השר אקוניס את מינויה של פרופ' אמיתי, מחוקרות המוח המובילות בישראל, לוועדה מדעית ישראלית־גרמנית למדע מחקר ופיתוח, לטענתו בשל חתימתה לפני כעשור על עצומת תמיכה בחיילים המסרבים לשרת מעבר לקו הירוק. בתגובה, יו"ר ור"ה, פרופ' יוסף קלפטר פנה לראש הממשלה בדרישה שיתערב בביטול המינוי. למעלה מ-1,300 חברים במוסדות להשכלה גבוהה מכל רחבי הארץ חתמו על עצומה המגנה בחריפות את ההחלטה, וגם האקדמיה הלאומית למדעים פרסמה הצהרה בה נכתב כי היא מודאגת מביטול המינוי על רקע שיקולים פוליטיים.
התרעות פיקוד העורף