ניצן הסביר כי "הוגשה בקשה למשפט חוזר ואנחנו בודקים כל טענה ביסודיות. אם נחשוב שיש עילה למשפט חוזר נודיע על זה לבית המשפט. היו תיקים בעבר שחשבנו שיש עילה למשפט חוזר והודענו. אין דבר כזה שהכל כבר נבדק. הובאו חוות דעות חדשות בבקשות למשפט חוזר. יש שם חוות דעת, שלא אכנס לפרטים, משהו מכיוון אחר לגמרי ואמרנו שחייבים לבדוק את זה ביסודיות. האם כתב אותה מומחה רציני או לא והאם היא משתלבת עם מסכת הראיות. כל פיסת ראיה נבדקת לעומק".
כשנשאל על הביקורת החריפה שהטיח בו ראש הממשלה, בנימין נתניהו, בעקבות הגשת כתבי האישום נגדו, אמר ניצן: "כאשר מוניתי לתפקידי צלצל ראש הממשלה נתניהו לברך אותי, ובאותה תקופה, בגלל שנאבקתי בפשיעה לאומנית, הייתה גם תדמית כאילו שי ניצן הוא אויב התורה או המתנחלים. אמרתי לנתניהו שאני מקווה שהוא מבין שאין קשר בין התדמית שהוציאו לי לבין האמת. הוא אמר לי: 'אתה מספר לי על הפער בין תדמית למציאות?".
התרעות פיקוד העורף