במסמך שהוגש לבית המשפט מבקשים פרקליטי ראש הממשלה לקבוע כי "הומצאו עבירות נגדו", וכן כי "החקירה לא נגעה לחשד אלא נגעה לחשוד". עוד נכתב במסמך כי "הדרך בה נוהלו החקירות מעידה על כך שכבר בשלב מוקדם הבינו החוקרים כי ראש הממשלה לא ביצע כל עבירה, ולכן הם לא חקרו עבירה, אלא המציאו עבירה ואז ביצעו מעשים פליליים כדי להוכיח אותה".
עוד נטען במסמך כי הפרקליטות והחוקרים הפעילו לחצים כבדים ולא סבירים על מספר עדים, על מנת שיסייעו לבניית כתב האישום נגד ראש הממשלה, לכאורה. בין השאר נכתב כי הופעלה סדרת לחצים כבדה ואיומים על ניר חפץ לחתום על הסכם עד המדינה, עד לכדי הרעבתו וכן חדירה בלתי חוקית לחייו האינטימיים.
פרקליטי ראש הממשלה עורכי הדין בעז בן צור ועמית חדד אמרו על הגשת המסמך לבית המשפט: ״היום הוגשה לבית המשפט בקשה לביטול כתב האישום. הבקשה מפרטת שורה ארוכה של כשלים ופגמים חמורים במהלך הליך החקירה בעניינו של ראש הממשלה. מדובר במהלכי חקירה פסולים בתכלית, בהדלפות אינסופיות - מאות במספר של חומרי חקירה, בניגוד לדין, ועריכת משפט פומבי בתקשורת לפני תחילת המשפט. הגשנו מסמך מפורט שכולל עשרות דוגמאות לפעולות חקירה פסולות, איום על עדים, שימוש בחייהם האישיים כדי לחקור אותם, השתקת עדים, אכיפה בררנית, התעלמות מראיות מזכות, ופעולות חריגות נוספות. מדובר באירוע חסר תקדים. מעשים חמורים אלה אינם מקובלים באף מקרה, על אחת כמה וכמה כלפי ראש ממשלה. במדינה מתוקנת על רשויות האכיפה להקפיד על עקרונות של צדק והגינות גם במהלך חקירה. לטעמנו, ההצטברות הכוללת של הפגמים החמורים צריכה להוליך למסקנה של ביטול כתב האישום״.
התרעות פיקוד העורף