יחד עם זאת מציינים גורמים במערכת הביטחון כי ההתמודדות מול אותם מפגעים פוטנציאליים היא לא פשוטה. "כשמדובר בארגון שצומח בתוך המדינה זה יותר קשה לפיצוח. אנחנו עושים את המירב בשביל מידע מודיעיני ופיצוח של התופעה המסוכנת הזאת" הם אומרים ומוסיפים כי "יש פה בהחלט סיבות למתוח גבה ולגלות רצינות. זה לא יהיה קל".
לדבריהם, "האויבים מבית מסוכנים והרסניים יותר מאויבים מבחוץ. אין להם צורך לשלוח סייענים לבצע איסוף מידע, הם חיים בתוכנו, מסתובבים חופשי בלי שום בעיה לכאורה, עושים תוכנית עבודה מסודרת, מרכזים נתונים, בוחנים את הסביבה שבה הם בוחרים לבצע את הפיגוע ואז באופן עצמאי הם יוצאים לממש את זממם והכל מתוך שנאה, אמונה דתית, ולא בשביל כסף או הטבות אלא מתוך אידאולוגיה".
במהלך הלילה (בין שני לשלישי) ביצעו כוחות הביטחון, שב"כ, לוחמי מג"ב ומשטרה יחד עם יחידות מיוחדות, את מעצרם של 12 חשודים, כולם תושבי אום אל-פחם ו-ואדי ערה. לעצורים מייחסים בשב"כ תמיכה בארגון הטרור דאעש וקשר עם הארגון. עד כה נעצרו 17 חשודים במסגרת הפעילות, כאשר בימים הקרובים יימשך גל המעצרים בכל רחבי הארץ.
בשב"כ זיהו קבוצות מיקוד שעוסקות בתמיכה בדאעש, כאשר חלקם אף חברו לארגון, ביניהם המפגע מחורה שביצע את הרצח המתועב בבאר שבע, וכן שני המחבלים ממשפחת עבד אל קאדר שעמדו מאחורי הפיגוע במרכז חדרה.
בעקבות האירועים הללו ביצעו בשב"כ ובכוחות הביטחון בחינה פרטנית מדוקדקת, סימנו את אותם חשודים, גלויים וסמויים, הקשורים לארגון הטרור דאעש, וזאת במטרה להביא למעצרם ולסכל ככל שניתן את התעצמות דאעש בתוך שטח ישראל. שכן, בתקופה אחרונה, כך עולה, הוא פיתח ניצנים במוקדים שונים ברחבי הארץ, בתוך כפרים ערבים ישראלים ואף במתחמים בדואים. כך התפתח לו טרור שלא מגיע מהשטחים, אלא מתוך שטחי המדינה, טרור שקיים קושי מובן לזהותו בעת היציאה לביצוע הפיגועים, שכן מדובר במחבלים הנושאים תעודות זהות כחולות.
בשלב זה מרבית הפרטים אודות מעצר החשודים עוטים תחת צו איסור פרסום, אולם ברור שפעילות כוחות הביטחון תימשך לתוך תקופת הרמדאן, כאשר כוחות משטרה, מג"ב ויחידות מיוחדות נפרסו כבר החל מאתמול באזורים רבים, בהם הצפון, תל אביב, הדרום וירושלים, שנותרה המוקד המזוהה כמקום נפיץ בימים אלו.