במקביל פעלו כוחות הביטחון במחנה הפליטים בשכם ועצרו את שני בניו של המחבל, חאלד ומחמד חרושה, אשר חשודים כמי שמעורבים יחד איתו בתכנון וביצוע הפיגוע. השניים הועברו לחקירה בשב״כ.
בתיעוד ממצלמות הקסדה של לוחמי הימ"מ שפורסם היום (רביעי) ניתן לראות את הלוחמים בסמטאות מחנה הפליטים ג׳נין בדרכם אל היעד בו הסתתר המבוקש. הלוחמים הגיבו בירי ובאמצעים נוספים נגד חמושים במרחב שפתחו לעברם באש.