בסוף הדיון, נציגת היועמ"שית הודיעה לבג"ץ כי היועמ"שית פתחה בהליך בדיקה משמעתי נגד עו"ד רואי כחלון בגין קורות החיים שהגיש. הליך הבדיקה נפתח בעקבות הניסיון אותו כחלון הציג בקשר למינויו כראש המטה לפשיעה בחברה הערבית במשרד ראש הממשלה.
עורך דינו של כחלון רתח מזעם ואמר כי "מה זאת ההתנהלות הזאת? היועמ"שית פחדה שהיא תפסיד בתיק - אז היא שלפה בדקה האחרונה של הדיון את הקלף של הבדיקה המשמעתית. יש פה ניחוח של סיכול ממוקד בסגנון מה שנעשה לגל הירש". השופטים יצאו להתייעצות, בסופה חזרו ואמרו כי ישתדלו לתת החלטה בהקדם האפשרי.
כחלון הציג לשופטים עמדה מפורטת הכוללת אסמכתאות לתפקידיו, ומסר לשופטים: "שמו הטוב של האדם, ובוודאי של עובד מדינה בכיר אשר לאורך שנותיו מילא בהצטיינות מגוון תפקידים בשירות המדינה, הוא הנכס החשוב לו ביותר". כחלון הוסיף כי הוא "מצר על האמור בחוות הדעת, על אופן הבדיקה הרופף שאינו מקיים שום סטנדרט מנהלי בסיסי, ועל אופן ניסוח חוות הדעת".
התרעות פיקוד העורף