כפי שעלה בראשית החקירה בחודש אוגוסט האחרון, במשטרה מייחסים בפרשה חשד לעבירות הפרת אמונים. גורמים המעורבים בפרטים ציינו אז כי המעבר מבדיקה לחקירה מעיד על חשד לביצוע עבירות של הפרת אמונים ועבירות נלוות. מהבדיקה עלה שבניגוד לתבחינים המוכרים במשרד החוץ, ובחלק מהמקרים גם בניגוד לעמדת הוועדה המקצועית - הוועדה הממליצה ובוחנת את הבקשות לדרכונים דיפלומטיים - השר הממונה דאז, אלי כהן, הורה למנכ"ל משרדו להנפיק את הדרכונים. בחלק מהמקרים צוין שמדובר במתן הדרכון הדיפלומטי בנסיבות של שיקולי אבטחה, כפי שנראה במקרה של יאיר נתניהו שנמצא כרגע במיאמי.
באותו מועד בחנו עדיין את המסמכים ואת האמצעים הממוחשבים לחומרים שנאספו. זה ייקח מספר ימים לפחות עד שתתגבש החלטה - אם אכן בוצעו עבירות במהלך הבדיקה ומי מעורב באותן עבירות - ומיד לאחר מכן יתחיל שלב זימון לחקירה וגביית עדות. בשלב זה מסתבר שזה התבצע, וכעת ממתינים לעדותו של יאיר נתניהו כדי ללמוד על הנסיבות שהובילו להוצאת הדרכון הדיפלומטי. נציין כי נתניהו הבן לא חשוד בפרשה, אלא מזומן למתן עדות פתוחה בלבד.
במשטרה מתקדמים בחקירה, וככל שתידרש החקירה לזמן את שר האנרגיה אלי כהן ומנכ"ל משרדו לשעבר, המשטרה תפעל להשיג את כל האישורים הנדרשים ותוביל לבקשה להסרת חסינותו של השר לצורכי החקירה. במקביל תחקור המשטרה את מנכ"ל המשרד וגורמים נוספים במשרד שעסקו והיו מעורבים בהנפקת הדרכונים הדיפלומטיים לכאורה בחוסר סמכות ובניגוד לנהלים.
התרעות פיקוד העורף