שר המשפטים יריב לוין הגיש לבג"ץ את תגובתו לעתירות נגד מעורבות היועצת המשפטית לממשלה גלי בהרב מיארה בחקירת הפצ"רית, ונגד החלטתו למנות את השופט אשר קולה כגורם המפקח על החקירה במקום היועמ"שית. לוין הבהיר כי הוא מתנגד לכך שפרקליט המדינה, עמית איסמן, יהיה הגורם האמון על החקירה.
"עניינה של עתירה זו בפרשה שאין ערוך לחומרתה. חומרה זו נובעת בראש ובראשונה מהגורמים המעורבים בה, במעמדם בצמרת הצבא ומערכת אכיפת החוק; היא נובעת מהמעשים הקשים שבוצעו וההשלכות הקשות שהיו למעשים אלה על המדינה, בטחון אזרחיה ושלום חייליה; חומרתה במשך הזמן הרב בו בוצעו העבירות ובניסיון לכסות עליהן ולהסתיר אותן מעין הציבור וממערכות שנועדו למנוע התרחשויות מסוג זה", כתב לוין לשופטי בג"ץ.
לדברי לוין, "הותרת החקירה בידי גורמים אשר היו מעורבים במסכת העובדתית העומדת בבסיס החשדות הנחקרות בפרשה, הנה חזרה מובטחת על האירועים שהולידו את החקירה הנוכחית. משמעותה, בראש ובראשונה שיבוש החקירה והעדר אפשרות של ממש להגיע לחקר האמת. משמעותה היא גם פגיעה נוספת ואנושה באמון הציבור במערכות המדינה ובראשם מערכת אכיפת החוק, פגיעה שממנה ספק אם תחיה אפשרות תיקון".
שר המשפטים טוען כי הוא "הפעיל סמכותו באופן המתחייב מתפקידו הציבורי ומהשליחות שנטל על עצמו. סיכול החלטתו לא רק שאינה אפשרית על פי דין, אלא שיחיה בה כדי להוביל לפגיעה אנושה באמון הציבור במערכות המדינה ובראש ובראשונה במערכת אכיפת החוק".
לוין האדשים: "נראה כי בהעדר נימוק משפטי של ממש, הניסיון לטרפד את החלטת השר אינו אלא ניסיון למנוע הגעה לחקר האמת בפרשה. אל לו לבית המשפט לתת יד לניסיון פסול זה".
עוד הוסיף לוין: "לא ניתן להפריז בחשיבותה של ההכרעה המונחת לפתחו של בית המשפט הנכבד. לאחר כל שאירע כבר בפרשה זו, הרי שהפקדת ליווי החקירה בידי כב' השופט בדימוס קולה הינה בבחינת קרש הצלה לא רק לאפשרות של חשיפת האמת, אלא גם להשבת אמון הציבור במערכות אכיפת החוק כולן. אין בנמצא ולו נימוק אחד שיש בו כדי להצדיק את הדרתו של השופט בדימוס קולה מליווי החקירה ואת החלפתו בגורם אחר, לא כל שכן גורם שיש לו, לממונים עליו ולכפופים לו, נגיעה ישירה לעניינים נשוא החקירה".
לוין עקץ: "נדמה, כי אין צורך להכביר מילים על כשלונו של הפורמט אשר אומץ בשעתו בעניין זה, לפיו הסגן בודק את המערכת שהוא חלק ממנה וחוקר את הממונה עליו ואת הכפופים לו ישירות. חזרה על פורמט זה באמצעות מינוי פרקליט המדינה לבדוק עניין הנוגע לו עצמו ולמערכת שהוא חלק ממנה, ותוך שהוא אמור ללוות את מרכיבי החקירה הנוגעים לממונה עליו ולכפופים לו ישירות, היא בבחינת אבסורד מוחלט, תוצאה שהדעת לא סובלת, ליקוי מאורות, ומכת מוות לבירור האמת ולאמון הציבור בהליך כולו".
לוין חתם את דבריו במילים: "אזרחי ישראל נושאים את עיניהם לכך שהאמת תתברר ובמהרה, שהלקחים מפרשה נוראה זו יופקו, והתיקונים הנדרשים יבוצעו. כל אלה מחייבים לאפשר לשופט בדימוס קולה למלא את התפקיד שהוטל עליו, ויפה שעה אחת קודם".
התרעות פיקוד העורף