השופטים הבהירו כי היועמ"שית מצויה בניגוד עניינים אישי בכל הקשור לחקירה, כולל בשאלה מי יחליף אותה, כאשר יש לה עניין אישי בזהות המפקח על החקירה. בהקשר זה, השופטים מתחו ביקורת חריפה על הניסיון של היועמ"שית לטרפד את ההיוועצות של שר המשפטים לוין עם נציב שירות המדינה בכדי לאפשר את החלפתה.
התרעות פיקוד העורף