בין לבין, כיוון שחומרי החקירה לא יועברו עד לסיומה לשום גורם מעבר לצוות החוקרים, החליטו בצה"ל לפעול משמעתית כנגד שישה קצינים שמעורבים בפרשה , אשר נחקרו באזהרה ושוחררו בתנאים מגבילים וזאת על מנת למדר אותם מפרטים נוספים וחדשים בפרשה וכן מחומרי חקירה. בצה"ל בוחנים באמצעות הרמטכ"ל אפשרות להשעיית הקצינים המעורבים עד לסיום החקירה הפלילית בעניינם.
התרעות פיקוד העורף