כאמור, לאור כך שבמינהלת הר הבית לא מצייתים לפוסקי ההלכה שבהם מצדד גפני, העמותה הוצאה מרשימת העמותות המאושרות. גפני אמר בהקשר לעניין ההלכתי: "אני מבקש מרשות המיסים לבדוק את הנושא לעומקו כדי לוודאות שאנחנו לא עושים פה משהו בניגוד לחוק ובניגוד לסטטוס קוו הקיים".
שאלת העלייה להר הבית נמצאת במחלוקת הלכתית. בעוד הרבנים החרדים מתנגדים ברובם המוחלט לעלייה להר הבית, רבנים רבים בציונות הדתית תומכים בעליית יהודים לחלקים מסוימים בהר הבית, אשר מותרים לכניסה לאחר טבילה. כעת, גפני מעביר את המחלוקת ההלכתית לזירה הפוליטית ומשתמש בכלים פרלמנטריים כדי לפגוע במי שלא מתיישר לפי הפסיקה החרדית, המתנגדת לעלייה אל הר הבית. מינהלת הר הבית היא זו שמנהלת את עליית היהודים אל הר הבית, תוך שיתוף פעולה מלא עם המשטרה.
ממינהלת הר הבית נמסר: "הר הבית עובר בעשור האחרון שינויים רבים לטובה, וכיום מתנהלים בו מנייני תפילה קבועים בשחרית ומנחה, בראשות רבנים וגדולי תורה. מינהלת הר הבית שותפה למהפך החיובי בעבודה משותפת עם הדרג המדיני ועם כל גופי הביטחון וכך נמשיך בעתיד בעזרת השם".
התרעות פיקוד העורף