לדברי קוטיק, "נדרשת תשתית עובדתית משלימה שתאפשר את בחינת סוגיית ניגוד העניינים. כאן המקום לציין כי במועד עריכת חוות הדעת, לא היה ידוע לנו אם גורמים מסוימים במשרד המשפטים כבר קיבלו על עצמם להימנע מטיפול בכל עניין הנוגע לחקירה. עניין זה הובא לידיעתנו רק מאוחר יותר מפרסומים בנושא, ועל רקע זה נשלחו על ידינו לאותם גורמים בקשות הבהרה". קוטיק ציינה כי רק אחת מהבקשות נענתה.
קוטיק חשפה התנהלות חמורה של בכירי הייעוץ המשפטי לממשלה והפרקליטות: "אף אחד מהמעורבים מקרב משרד המשפטים לא פנה ללשכה המשפטית באופן יזום בבקשה לדווח בנושא או להסדיר את המניעות – לא לפני מתן העדות ולא לאחריה. מיותר לציין כי לו מידע זה היה לפנינו במועד כתיבת חוות הדעת, יתכן שהיה מביא למסקנות מחמירות אף יותר באשר להגבלות, בדומה לקביעת בית המשפט, אשר הרחיב את גבולות חוות הדעת לכדי מניעות מוסדית".
עוד המשיכה קוטיק: "ממכתבך עולה כי בהמשך לחששות שעלו בחוות הדעת, אכן נגבו עדויות של מעורבים, ובהם גורמים בפרקליטות המדינה ובלשכת היועצת המשפטית לממשלה ועוד. על מנת לבחון האם מעורבותם במסגרת מסירת עדות עלולה להגביל אותם מלעסוק בנושא, בהתאם להנחיות הרלוונטיות בדבר איסור ניגוד עניינים והיקפו, נדרשת מטעמכם התייחסות משלימה".
לצורך קבלת החלטה בעניין ניגוד העניינים, קוטיק ציינה כי "נדרש מידע לעניין מיהות גורמי המשרד אשר עשויה להיות להם זיקה למיצוי ההליך הפלילי. ככל שתעבירו לנו את המידע הדרוש, יהיה בידנו לבחון מחדש את העמדה ביחס לניגוד העניינים הפרטני והמוסדי".
התרעות פיקוד העורף