המבקר ציין כי ליקויים כאלה הועלו גם בביקורת שנערכה בעניין המשילות בנגב ב-2021 ורבים מליקויים אלו לא תוקנו: בביקורת הקודמת הועלו כמה תופעות המתרחשות בסביבת בסיס חיל האוויר בנבטים, כגון רעיית צאן בסמוך לבסיס, השלכת צמיגים ואבנים בנתיבי התחבורה המובילים אליו וכן פגיעה בגדר האלקטרונית ההיקפת של הבסיס.
בביקורת המעקב נמצא כי הליקוי לא תוקן. אומנם כבר לא מתרחשים אירועי יידוי אבנים לעבר מכוניות צבאיות בכביש 80 או חדירות לבסיס, אולם תופעות אחרות שהועלו בביקורת הקודמת עדיין מתרחשות. בין היתר, חלה עלייה של ממש באירועי ירי בסמיכות לבסיס ואף בזליגה של ירי לשטחו (באחד המקרים כנף של מטוס נפגעה מירי).
עוד נמצא כי תושבים בפזורה עדיין יכולים להגיע קרוב מאוד לבסיס, דבר המאפשר צפייה על הנעשה בו ועלול להביא לפגיעה בביטחון המידע הקשור לפעילותו. תופעה זו באה לביטוי בהגשת כתב אישום ביולי 2025 נגד תושבת הפזורה, אשר עמדה בקשר עם גורמי מודיעין איראניים וביצעה עבורם משימות ביטחוניות שונות, בין היתר במבצע 'עם כלביא', כגון איסוף מודיעין על הבסיס וצילום המראות של מטוסי קרב.
נוסף על כך החלה תתופעה חמורה שלא התרחשה בתקופת הביקורת הקודמת, ועלולות להיות לה השלכות אסטרטגיות - בחדירת רחפנים לשטח הבסיס.
מערך ההגנה הייעודי שהוקם מפעיל יחידות שונות אשר מבצעות פעילויות יזומות שונות לביצוע תפקידו בהגנה על הבסיסים, ובתוך אלו גם סיורי שטח קבועים, תפיסת מסיגי גבול ופירוק תשתיות בלתי חוקיות. גם בנבטים פועל מערך הגנה קרקעי, האחראי על אבטחת שיטחי הבסיס.
מצה"ל נמסר עוד כי האחריות על הבטחת השטחים הסמוכים לבסיסים מוטלת על משטרת ישראל. מבקר המדינה התייחס גם לעניין זה: בביקורת הקודמת עלה כי קיימת תופעה של פלישה לשטחי אש של צה"ל באזור הנגב, וביצוע פעילות פלילית מסוגים שונים כגון הקמת חממות לגידול קנביס, פלישה לשטח אש, תפיסת קרקעות ועיבודן ללא אישור וכן פלישות בעיבודים.
בביקורת המעקב נמצא כי הליקוי תוקן במידה מועטה בשטחי האש של בסיס מל"י בצאלים בוצעו בשנים 2023-2021 1,730 פעולות להשמדת קנאביס וכן 1,855 פינויים משטחי אש. נוסף על כך, בשטחים הסמוכים לנבטים, בוצעו בשנים אלה פעילויות להפיכות קרקע בכ-4,500 דונם וכן ניתנו 43 צווים לפינוי קרקע (מקרים שבהם פלשו לקרקע שלא כדין).
עם זאת, בשנת 2024 ולמעשה גם בסוף שנת 2023, חלה ירידה ניכרת בהיקף הפעילויות האמור, המיוחסת בעיקר למלחמת חרבות ברזל ולהשפעותיה. נמצא גם כי בשנת 2025 ניכרת התקדמות בטיפולו של צה"ל בנושא זה.
התרעות פיקוד העורף