בהמשך הורחבה סמכותם גם ביחס לעובדי שב"כ, ובנוסף ניתנה למחלקה הסמכה מיוחדת לחקירות פליליות ומשמעתיות של עובדי נציבות שירות המדינה.
הטענה של סעדה היא כי המשטרה והפרקליטות פועלות לקידום תיקים פליליים בשיתוף פעולה מלא, ביחסי עבודה הדוקים. העבודה הקרובה יוצרת לדבריו "ניגוד עניינים חריף", כאשר החלטות בעניין פתיחת חקירה, פיקוח על החקירה במח"ש והגשת כתב אישום נגד קצין משטרה בכיר נתונות לפרקליט המדינה.
הוא סבור כי כל עוד מח"ש היא חלק אורגני מהפרקליטות, לא ניתן לצפות לחקירה חסרת פניות כאשר מדובר בבכירים במשטרה, שעימם יש קשרי עבודה הדוקים. מן הצד השני, גם כאשר מדובר בחקירת חשדות נגד אנשי הפרקליטות, מי שמוסמך כיום לעסוק בכך זו המשטרה, וניגוד העניינים לדבריו נוצר.
סעדה הציע לנתק את המחלקה לחקירות שוטרים מהפרקליטות ולהכפיפה ישירות לשר המשפטים ולמנכ"ל המשרד, לרבות מינוי ראש המחלקה.
הצוות קבע בדעת רוב, נגד דעתו החולקת של המשנה ליועצת המשפטית לממשלה: "שהליקויים שפורטו בדו"ח מבקר המדינה לגבי תפקודה של מח"ש המצטרפים לניגודי העניינים העולים מהמבנה הקיים, מוליכים למסקנה שיש הכרח בהפרדה מבנית מלאה".
עוד נאמר כי: "הפתרון הפשוט המתבקש נעוץ בהפרדת מח"ש מן הפרקליטות ומיצובה כגוף עצמאי, בלתי תלוי, מצויד ביכולת מלאה להשיג את ייעודו".
מי שיקים את המחלקה החדשה הוא שר המשפטים. מנהל המחלקה יהיה כשיר להיות שופט בעליון בעל ניסיון בתחום הפלילי. מי יבחר בו? ועדה שמורכבת ממנכ"ל משרד המשפטים, שהוא איש של שר המשפטים, שופט עליון או מחוזי בדימוס שימונה על ידי יו"ר הוועדה לביקורת המדינה, עורך דין פלילי שימנה שר המשפטים בהתייעצות עם הסניגור הציבורי הארצי, ואדם בעל ניסיון בחקירות שימנה נציב שירות המדינה. כלומר, הוועדה נוטה פוליטית לקואליציה, ובאופן ספציפי לקואליציה הנוכחית.
אם ננתח את עמדת הייעוץ המשפטי לממשלה, נראה ארבע בעיות בחוק החדש שעיקרן הפיכת הגוף מעצמאי לפוליטי: הבעיה הראשונה היא שדרך מינוי מנהל מח"ש תהיה בידי ועדה שנשלטת על ידי הדרג הפוליטי, שהוא שר המשפטים. הוא ישלוט במינוי המנהל ובפיטוריו, וראש מח"ש יהפוך למשרת אמון שתלויה בשר.
עוד בחוק נקבע כי שר המשפטים ימנה "ממונה" שיכריע בין מח"ש לגוף חקירה או תביעה אחר בשאלה האם להעביר את התיק מגורם אחר למח"ש. בפועל, אותו ממונה יחזיק בידיו סמכויות שיאפשרו לו לעצור חקירות שלא נוחות לשלטון ולתעדף חקירות שהשלטון דווקא מעוניין בהן, ובכך ניתן יהיה לטרפד כל חקירה רגישה. בכל תיק רגיש שתלונה תוגש למח"ש על "מחדלי חקירה בתיק", התיק עשוי לעבור למח"ש, והחוקרים יהפכו לנחקרים. קושי נוסף נובע מהכפיפות המנהלית לשר, שכן מח"ש תהיה כפופה לשר ולתקצוב שלו.
התרעות פיקוד העורף