כזכור, בספטמבר 2025, בתום חקירה סמויה ולאחר שנחקרו מספר לא מבוטל של מעורבים בפרשה ונתפסו מסמכים רבים, נחקר במשך שעות השר כהן, שר האנרגיה והתשתיות כיום, על התקופה שבמהלכה כיהן כשר החוץ ועמד לכאורה מאחורי אישור אותם דרכונים דיפלומטיים למי שלא היו זכאים לכך ושלא במסגרת הנהלים.
חקירת המשטרה החלה כבר בחודש ינואר, באישור היועמ"ש לממשלה, בחשד לעבירה של הפרת אמונים נגד שר החוץ לשעבר אלי כהן ובכירים נוספים ממשרדו, במסגרת הנפקה של דרכונים דיפלומטיים לגורמים שונים, משיקולים לא ענייניים. החקירה לוותה על ידי פרקליטות המדינה.
השר אלי כהן אמר קודם כניסתו לחקירה: "נתבקשתי היום לתת את גרסתי במשטרה בסוגיית הדרכונים: חקירה זו לא הייתה אמורה כלל להיפתח - אבל כאזרח שומר חוק, מרגע שנפתחה חקירה אענה על השאלות באופן מלא. לעובדות - בתקופתי כשר החוץ הונפקו על ידי מנכ"ל המשרד בהתאם לסמכותו ארבעה דרכונים בלבד! ליאיר נתניהו, אישיות מאובטחת, חודש הדרכון מטעמי אבטחה, מספר פעמים, על ידי מספר מנכ"לים החל משנת 2009! דרכונים הונפקו גם לשלושה ראשי ערים שפנו באופן רשמי על פי נהלי המשרד בעקבות פעילות בינלאומית במסגרת תפקידם. גם בעבר ניתנו לראשי ערים דרכונים על בסיס אותם נימוקים. גם בדיעבד החלטת המנכ"ל, מתוקף סמכותו, בארבעת המקרים בהחלט מוצדקת, ובוודאי שלא נעברה עבירה פלילית או מנהלית. בכל תפקידיי בממשלה, בצה"ל ובאקדמיה - החוק היה ויהיה נר לרגליי".
התרעות פיקוד העורף