במח"ש בחנו במסגרת החקירה חשד לביצוע מעשה מגונה בשוטרת. עם זאת, בתום החקירה נקבע כי לא נמצאו די ראיות המגבשות סיכוי סביר להרשעה. בין היתר, גרסאות המעורבים שללו כי התרחש מעשה מיני בין שחר לבין השוטרת שבה עסק החשד. לצד זאת, החקירה עסקה גם בחשד להפרת אמונים, על רקע קשר בעל אופי מיני שניהל שחר, לפי ממצאי החקירה, עם שוטרת אחרת שהייתה פקודה שלו.
עם זאת, הוחלט כי בנסיבות המקרה ההתנהלות לא חצתה את הרף הפלילי, ולכן התיק נגדו נסגר גם בעניין זה. במקביל, הועברה למחלקת המשמעת במשטרה המלצה להעמידו לדין משמעתי. שחר עוכב לחקירה במח"ש לאחר שמידע על הקשר הגיע לדרגים הבכירים במשטרה. בעקבות המידע נפתחה חקירה סמויה שנמשכה תקופה, ולאחר התגבשות החשדות הפכה החקירה לגלויה והקצין זומן לחקירה.
בתום חקירתו שוחרר שחר בתנאים מגבילים, ובהם הרחקה מתחנת משטרת חיפה למשך 12 ימים ואיסור מוחלט ליצור קשר עם פקודים מהתחנה שעליה הוא מופקד.