עוד נקבע בדעת רוב של עמית וכבוב כי אין עילה להתערבות שיפוטית בחוות דעתה של יועמ"שית משרד המשפטים, שלפיה פרקליט המדינה אינו מנוע עוד מלעסוק בליווי חקירת הפרשה.
בנוסף, נקבע שאין עילה לתת לשר המשפטים שהות נוספת לשימוש בסמכותו למנות מפקח אחר על החקירה. השופט מינץ סבר בדעת מיעוט כי יש ליתן צו על תנאי המורה לשר המשפטים לנמק מדוע לא יעשה שימוש בסמכותו ויפעל למינוי גורם מפקח לחקירה.
העתירה הוגשה על רקע פרשת הדלפת הסרטון ממתקן "שדה תימן", בידי גורמים בפרקליטות הצבאית ובהמשך לפסקי דין קודמים שניתנו בנושא.
אז קבע בג"ץ ששר המשפטים מוסמך למנות עובד מדינה בכיר לשם מילוי תפקידיה של היועצת המשפטית לממשלה שיפקח על החקירה. אבל בג"ץ הטיל על השר גם מגבלות כדי לצמצם חשש מהשפעה פוליטית על חקירה פלילית.
בינתיים המשיכה החקירה להתנהל, בפיקוח ובאישור הדרגים הבכירים ביותר במשטרה (לרבות ראש אגף החקירות והמפכ"ל). המשטרה סיימה את החקירה בפברואר ובוצעו השלמות נוספות. היועצת המשפטית לממשלה ופרקליט המדינה נקבע בחקירה - לא היו דרושים לא למתן עדות ולא היו מעורבים פלילית בפרשה.
בפסק הדין דחה בית המשפט העליון פה אחד את בקשת העותרים להתערבות שיפוטית באופן ניהול החקירה, תוך שנקבע כי בית המשפט אינו משמש כ"שופט חוקר" ואינו מחליף את שיקול דעתן המקצועי של רשויות האכיפה.
יתר חלקי העתירה נדחו בדעת רוב הנשיא עמית, שכתב את חוות הדעת העיקרית, ציין שהעותרים העלו טענות ביחס לצורך במינוי מפקח רק לאחר שהחקירה – שהתנהלה לאורך מספר חודשים – הניבה מסקנות שאינן לרוחם, וכי מסיבה זו, עתירתם לוקה בשיהוי. עוד הודגש כי שר המשפטים נמנע במשך מספר חודשים מלהשתמש בסמכותו למנות מפקח, ואף לא ביקש שההרכב בפסק הדין הקודם ימנה מפקח. לפיכך, נקבע שאין להתיר לשר להעלות טענות כנגד ממצאי החקירה בהסתמך על סירובו-שלו למנות מפקח.
הנשיא עמית ציין כי מפסק הדין הקודם עולה שהמניעויות שנקבעו בו אינן נצחיוֹת, וכי ניתן להסירן טרם סיום החקירה, בכפוף לשינוי במצב העובדתי. הנשיא עמית קבע שלא ניתן להתעלם מן ההתפתחויות המשמעויות שאירעו מאז תחילת הפרשה, ואשר עמדו בבסיס מסקנתה של יועמ"שית משרד המשפטים כי אין עוד הצדקה להותרת המניעוּת של פרקליט המדינה על כנה.
נקבע כי חוות דעתה השנייה של יועמ"שית משרד המשפטים מבוססת על תשתית עובדתית עדכנית ומספקת, לפיה פרקליט המדינה לא היה מעורב באירועים הרלוונטיים, ואף לא נדרש למסור עדות בעניינם. לכן נקבע אין להתערב בהחלטה שהוא יכריע בראיות בעתירה.
עוד הודגש כי התניית השלמת החקירה במינוי מפקח על ידי השר, מקנה לשר כוח להשפיע על קצב החקירה, ואף על כיווניה ועצם קיומה. זאת, באופן שאינו עולה בקנה אחד עם השאיפה למנוע פוליטיזציה של חקירות פליליות נקבע שאין הצדקה ליתן לו שהות נוספת למנות מפקח אחר.
מנגד, השופט מינץ סבר בדעת מיעוט כי יש לקבל חלקית את העתירה. הוא עמד על כך שהנחת היסוד הברורה שעליה הושתת פסק הדין הקודם, הייתה כי מדובר בחקירה המצריכה מינוי של גורם מפקח ומלווה וכי מקורה ברגישות יוצאת הדופן של הפרשה, העוסקת במעורבות של ראשת מערכת האכיפה בצה"ל בהדלפת חומרי חקירה ובמסירת מידע כוזב לבית משפט זה.
השופט מינץ סבר כי מפסק הדין עולה כי לא רק שמינוי גורם מפקח חיצוני תנאי הכרחי ליצירת תשתית מהימנה, עצמאית ונטולת מראית עין של ניגוד עניינים, שעל בסיסה ניתן יהיה לקבל החלטות בנוגע להמשך ניהול ההליך. מינץ סבר כי כל אימת שלא התקיימה חקירה תחת הפיקוח הנאות, לא ניתן לומר שהתשתית לקביעת מניעותו של פרקליט המדינה התעדכנה, ולכן לא בשלה העת לבחינתה מחדש. כמו כן סבר כי העובדה שהמשטרה מיצתה לשיטתה את פעולות החקירה אין בה כדי לאפשר את המשך ניהול ההליך ללא בדיקת כשרותו ולוּ בדיעבד.
השופט מינץ הדגיש כי אינו מעלים עין מהעובדה שהמסקנה האמורה עשויה לפתוח פתח לגרירת הליך החקירה, אולם לגישתו הפתרון לקושי האמור אינו מצוי בהתעלמות מפסק הדין הקודם אלא במתן צו המורה לשר להפעיל את סמכותו. לבסוף קבע השופט מינץ כי לגישתו אין מקום לדחות את העתירה מחמת שיהוי.
התרעות פיקוד העורף