על פי המתואר בכתב האישום, בלילה שבין 24 ל-25 בספטמבר שהו בני הזוג בדירתם בחיפה, יחד עם בנם התינוק. בשלב מסוים תקף מסוודא את אשתו, ולאחר שגיבש החלטה להמית אותה, לקח סכין מהמטבח ודקר אותה בעוצמה בצווארה. הדקירה פגעה בקנה הנשימה ובכלי דם בצווארה וגרמה לדימום מסיבי.
אלא שעל פי הפרקליטות, מעשיו של מסוודא לא הסתיימו בדקירה. לאחר מכן הוא העביר את אשתו לחדר המקלחת, שם שטף את הדם מגופה וגם את גופו שלו, במטרה לטשטש את עקבות הרצח ולהעלים ראיות. בהמשך נשא את אשתו אל מחוץ לדירה והתקשר למוקד המשטרה.
כשהגיעו השוטרים למקום, הם מצאו את יונית בחדר המדרגות, ללא דופק, והחלו לבצע בה פעולות החייאה. לפי כתב האישום, גם מסוודא עצמו הצטרף לניסיונות ההחייאה. לאורך כל האירוע שהה בנם התינוק במיטתו בתוך הדירה. יונית פונתה לבית החולים רמב"ם, שם נקבע מותה.
בפרקליטות מייחסים למסוודא, לצד עבירת רצח בכוונה בנסיבות מחמירות, גם עבירה של שיבוש מהלכי משפט, בעקבות הפעולות שביצע לכאורה לאחר הדקירה.
בבקשת המעצר התייחסה הפרקליטות להתנהלותו של הנאשם לאחר האירוע, וטענה כי היא מעידה על מסוכנותו ועל החשש שינסה לשבש את ההליך המשפטי גם בהמשך.
"הנאשם פעל בקור רוח, כאשר לאחר הרצח הוא שטף את המנוחה ואת עצמו, ולמרות שהתקשר למוקד 100, לא שיתף בפרטי האירוע, ואף מסר פרטים חלקיים ומגמתיים בלבד. התנהלותו מתחכמת זו, מעידה על מסוכנותו הרבה, אך גם על קור הרוח שלו בעת ביצוע הרצח ולאחריו, ומכאן גם החשש הגבוה מפני שיבוש הליכי המשפט גם בעתיד", נכתב בבקשת המעצר.